2.40 정확한 회계기준과 용어를 규정하기 어렵겠지만 일반적으로 한 기업의 원가와 비용은 크게 세가지 범주로 나눌 수 있다. 첫째, 원재료와 같이 제품이나 서비스를 생산하는데 드는 직접원가가 있다. 둘째, 생산과정과 밀접한 관계가 있지만 여러 제품과 서비스에 공통적으로 소요되는 간접원가가 있다.(예:여러 다른 제품을 생산하는데 사용되는 장비를 수선하는 부서의 원가) 마지막으로, 판매·일반관리비와 같은 기업 전체적인 영업비용 등이 있다.

2.41 매출총이익률분석과 순이익률분석의 차이는 다음과 같이 이해될 수 있다. 일반적으로 원가가산법은 직접원가 및 간접원가를 공제한 후의 이익을 사용하는데 비해 순이익률법은 그 기업의 영업비용까지 공제한 후의 이익을 사용한다. 각 나라별 실제 관행의 차이로 위에서 설명한 세가지 범주간 정확한 구별은 어렵다. 따라서 예를 들어 2.39에서 논의된 영업비용으로 간주되는 비용을 원가가산법에서는 특별한 경우 매출총이익에 포함시키지 않을 수 있다. 그러나 위 세가지 범주를 수학적으로 정확히 구별하는데 문제가 있다고 해서 총이익률과 순이익률을 구별하는 기본법칙을 바꿀 수는 없을 것이다.

2.42 원가가산법이 역사적 원가를 지나치게 강조하는 것인지는 모르겠지만 원칙상 역사적 원가는 개별 제품단위에 귀속되어야 한다. 원료비 노무비 운송비 같은 비용은 기간에 따라 다를 수 있으며 그런 경우에는 장기간에 걸친 원가를 평균하는 것이 적절할 것이다. 여러 제품의 생산에 공통적인 원가 또는 특정생산라인 전체에 연관된 원가의 경우에도 평균원가를 계산하는 것이 적정할 수 있다. 또 여러 제품의 생산 또는 처리가 동시에 이루어지고 생산활동 수준에 등락이 있는 경우 고정자산의 평균원가를 계산하는 것이 적정할 수 있다. 대체비용과 한계비용을 측정할 수 있고 이들 비용을 이용하여 적정이익률을 보다 정확히 측정할 수 있다면 이들 비용을 감안할 필요가 있다.

2.43 원가가산법 적용시 고려되는 원가는 재화나 용역의 공급자의 원가에 한정된다. 이런 제한으로 인해 특정한 원가의 경우 그 원가를 공급자와 구매자 사이에 어떻게 배분해야 하는가 하는 문제가 야기될 수 있다. 이익률이 부가되는 공급자의 원가를 줄이기 위해 구매자가 원가를 부담할 가능성이 있다. 실제로 공급자(주로 子회사)에게 혜택을 주기 위해 간접비와 기타 원가를 공급자에게 적절히 배분하지 아니하고 구매자(주로 母회사)가 부담함으로써 그럼 목적을 달성할 수 있다. 원가배분은 1장에서 논의된 것처럼 각 당사자들의 수행기능(사용자산과 부담위험 고려)분석을 바탕으로 하여 이루어져야 한다. 관련된 하나의 문제는 간접비가 매출액, 고용자의 수 또는 고용원가, 또는 여타 기준 등 어떤 기준에 따라 배분되어야 하는가이다. 원가배분문제는 추후 원가분담약정에 관한 장에서 논의될 것이다.

2.44 거래가 한계생산품을 처분하는 것일 때에는 변동비나 점증비(예:한계비용)가 사용되어야 한다는 주장이 있을 수 있다. 해외시장에서 보다 높은 가격으로 판매될 수 없는 제품이라면 그런 주장이 정당화 될 수 있다.(1장에서의 시장침투 논의 참조) 그런 주장을 평가하기 위해 고려되어져야 하는 요소로는 다음과 같은 것이 있을 수 있다:납세자가 해외시장에서 동일 또는 유사제품을 판매하는지 여부에 대한 정보, 납세자가 주장하는 `한계생산'과 관련된 생산비율(수량과 가액)에 대한 정보, 약정의 조건, 제품이 해외시장에서 보다 높은 가격으로 판매될 수 없다는 결론을 도출케 한 납세자 또는 다국적기업 그룹의 마케팅 분석내역에 관한 정보.