2.36 원가가산법을 적절하게 적용하기에는 다소 어려움이 있을 수 있는데 특히 원가결정에 있어서 그러하다. 비록 어떤 기업이 경쟁에서 살아남기 위해서는 일정기간에 걸쳐 들인 비용을 만회해야 하는 것이 사실이긴 하나, 위의 비용은 특정연도의 특정사안의 적정이익을 결정하는 비용이 아닐 수 있다. 많은 경우 기업들은 경쟁에 의해 가격인하를 단행할 때 재화의 제조비용 또는 용역의 제공비용을 참고하긴 하나, 어떤 경우에는 발생된 비용과 시장가격사이에 특별한 관계가 없을 수도 있다.(예:매우 가치있는 발견을 했지만 그 소유자는 단지 아주 적은 개발비용을 들인 경우)

2.37 덧붙여서 원가가산법 적용시에는 비교가능원가를 기본으로 하여 비교가능 이익률을 적용하도록 주의를 기울여야 한다. 예를 들어 원가가산법 적용상 비교대상이 된 공급자는 임대자산을 사용하고 특수관계거래상의 공급자는 자기 자신의 자산을 사용한다면 적정한 조정없이는 원가를 비교할 수 없을 것이다. 재판매가격법에서처럼 원가가산법은 특수관계 공급자의 재화 또는 용역원가에 가산되는 이익률과 하나 또는 그 이상의 독립기업들의 비교가능거래에서의 원가에 가산되는 이일률간 비교에 의존한다. 그러므로 비특수관계거래의 이익률에 어떤 조정을 하여야 하는지를 결정하기 위해서는 원가에 영향을 미치는 특수관계거래와 비특수관계거래간 차이가 분석되어야 한다.

2.38 이를 위하여 거래당사자들의 수행기능 및 부담위험과 관련된 비용(영업비용과 금융비용을 포함한 영업 외 비용)의 수준과 형태상의 차이 또는  비교되는 거래간의 차이를 고려하는 것이 특히 중요하다. 이런 차이에 대한 고려사항으로는 다음과 같은 것이 있을 수 있다. ①비용차이가 원가가산법 적용상 고려되어져야 하는 기능적 차이(사용자산과 부담위험 고려)에 의한 것이라면 원가가산 이익률의 조정이 필요할 수 있다. ②비용이 원가가산법에 의해 검증되는 활동들과는 구별되는 추가적 기능수행에 따는 비용이라면 그런 기능에 대한 개별적 보상이 필요할 수 있다. 예를 들면 그러한 기능수행을 적정한 대가가 지급되어야 하는 서비스의 공급으로 볼 수 있는 것이다. 마찬가지로 특수관계거래 약정을 통해 비정상적인 자본구조를 가짐으로써 발생하는 비용은 개별적인 조정을 필요로 할 수 있다. ③비교되는 당사자들간의 비용상 차이가 감독비용 일반관리비의 경우처럼 단순히 그 기업의 능률 또는 비능률을 반영하는 것이라면 원가가산이익률에 대한 조정은 적절하지 않을 수 있다. 위의 어느 경우에서든지, 그 외 다른 방법들을 적용했을 때의 결과를 고려하여 원가가산법 또는 재판매가격법을 보완하는 것이 좋을 것이다.(1.69~1.70 참조)

2.39 비교가능성의 또다른 중요한 측면은 회계사의 일관성이다. 특수관계거래와 비특수관계거래에서의 회계관행이 틀린 경우에는 일관성을 유지하기 위해 각 사안별로 꼭 같은 비용이 사용되도록 자료에 대한 적정한 조정이 있어야 한다. 원가가산이익률은 특수관계기업과 독립기업간에 일관되게 측정되어져야 한다. 이 외에 신뢰할 만한 비교가능성을 확보하기 위해서 원가가산이익률에 영향을 미치는 원가의 취급에 있어 기업간에 차이가 있을 수 있다. 어떤 경우에는 일관성과 비교가능성을 확보하기 위해 일정한 영업비용을 고려하는 것이 필요할 수 있다. 이러한 경우 원가가산법은 총이익률보다는 순이익률에 근접하게 된다. 분석에 영업비용이 고려되는 한 분석의 신뢰도는 3.29~3.32에서 제시하는 이유로 인해 불리한 영향을 받는다. 따라서 3.34~3.40에 기술된 안전장치가 그와 같은 분석의 신뢰를 평가하는데 적합할지 모른다.