현행 법인세법 제45조에 따르면 일정요건을 갖춘 합병으로서 피합병 법인의 자산을 장부가액으로 승계한 경우 피합병 법인의 이월결손금을 승계할 수 있다.
이 경우 매수법 회계처리와 그 이외의 회계처리를 선택 가능한 것처럼 규정하고 있으나, 기업회계에서는 선택할 수 없다.
합병평가차익 과세이연규정 등에 대한 법인세법 제44조는 합병시 시가법 회계처리를 원칙으로 하고 있다.
반면 기업회계에서는 기업인수·합병 등에 관한 회계준칙에 따른 합병회계는 시가평가에 의한 회계처리를 원칙으로 하고 있다.
이 경우, 장부가에 따른 이월결손금 승계가 허용되는 합병으로써 조건이 엄격한 것으로 알려진 지분통합법에 따른 합병과 연결회계기준이 적용되는 지배·종속회사간 또는 종속회사간 합병이 있으나 실무상 흔하지는 않다.
이에 따라 법인세법과 기업회계간 모순과 불합리한 점이 발생하고 있다.<편집자 주>

법인세법과 기업회계간 상충
조세전문가들은 법인세법 內에서 합병에 따른 회계처리방법에 일관성(시가법 회계처리와 장부가액 회계처리방법)이 없다는 점을 꼽고 있다.

또한 장부가액 회계처리가 인정되는 예외적인 합병의 경우에만 이월결손금 승계를 허용해 법을 적용하는데 있어 실효성이 떨어진다고 지적하고 있다.

아울러 법인세법과 기업회계간 합병시 회계처리방법에 모순점도 나타나고 있다.

조세전문가들은 이를 개선하기 위해서는 ▶기업회계와 법인세법간 합병회계원칙 적용의 조화 ▶합병시 이월결손금 승계혜택의 실효성 제고 ▶장부가액 승계요건 폐지가 바람직하다고 지적하고 있다.

◎ 법인세법의 규정 및 문제점
합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계하는 경우(지분통합법 또는 지배종속간의 합병) 합병등기일 현재 피합병법인의 법인세법 제13조제1호의 규정에 의한 결손금(세무상 이월결손금)은 이를 합병법인의 결손금으로 봐 그 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위안에서 법인세법 시행령 제81조에서 정하는 바에 따라 합병법인의 각 사업연도의 과세표준 계산에 있어서 이를 공제토록 하고 있다.

이때 신설합병의 경우에도 합병법인이 소멸법인의 결손금을 승계해 공제하는 것이 가능하다.

합병시 이월결손금 승계조건 중의 하나는 '합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계'하는 것으로써 시가법 회계처리를 하는 경우에는 이월결손금 승계를 용인하지 않고 있다.

이때 기업회계상 장부가액 회계처리를 할 수 있는 합병은 매우 예외적인 경우이기 때문에 이 조건은 이월결손금 승계에 관한 법적용의 실효성을 떨어뜨리는 결과가 초래되고 있다.

한편 법인세법 제44조에 규정돼 있는 합병평가차익 상당액의 손금산입규정에 따르면 합병회계에서 시가법 적용을 전제로 하고 있다.

따라서 동일한 법인세법 內에서도 합병회계원칙에 일관성이 결여되고 있는 것을 여실히 드러내고 있다.

합병차익은 내국법인의 각 사업연도 소득금액 계산시 익금에 산입하지 않지만, 합병평가차익은 예외로 하고 있다.

이때 합병평가차익을 익금산입한다 하더라도 일정한 조건하에서 손금산입의 특례가 인정된다.

합병회계는 매수법을 원칙으로 하고 있기 때문에 피합병 회사의 자산을 시가로 평가해 승계하는 것에 따라 발생된 합병평가차익이 익금산입되게 된다.

그러나 일정한 요건하에서 과세이연 혜택이 주어진다. 즉 합병차익 중 합병평가차익에 대하여는 합병시점에서 과세하지 아니하고 당해 자산의 매각이나 감가상각 시점에서 과세하게 된다.

기업회계의 규정 및 문제점
합병회계 처리에 대한 구체적인 기준은 '기업인수·합병 등에 관한 회계처리 준칙'(이하 '개정준칙')에 정하고 있다. 

개정준칙에는 합병을 기업결합의 하나에 포함시켜 회계처리방법을 정하고 있다.

합병회계처리의 기본적인 3가지 형태를 간략히 요약하면 ▶매수법의 회계처리 ▶지분통합법의 회계처리 ▶지배종속간의 합병 회계처리로 구분된다.

▷매수법의 회계처리=매수법에 있어서 매수회사는 피매수 회사로부터 취득한 모든 자산, 부채를 공정가액으로 평가하며 피매수회사의 잉여금은 승계하지 않는다.

또 매수를 위해 지급한 자산이나 발행한 주식(합병은 주식을 발행하여 매수하는 것임) 등 모든 매수대가를 공정가액으로 평가해 계상하도록 규정하고 있다.

따라서 발행한 주식에 대해 액면가액으로 인식하지 않고 주식발행초과금 또는 주식할인발행차금을 인식할 수도 있다.

또 매수법의 회계처리과정에서 영업권 또는 부의 영업권(종전의 합병차익)이 발생할 수 있다.

합병회계 처리를 매수법에 의할 경우 취득한 자산·부채는 공정가액에 의해 평가하며 매수를 위해 발행한 주식도 공정가액으로 평가해 계상한다.

지금까지 발생한 대부분의 합병은 종전 합병준칙 제5조2의 단서조항에 근거해 취득한 자산·부채를 장부가액으로 인식해 회계처리 했기 때문에 종전의 준칙에 따라 공정가액평가규정은 사문화됐던 것이 사실이다.

▷지분통합법의 회계처리=지분통합법을 적용하려면 일정한 요건을 충족하는 합병이어야 한다.

경제적 실체의 순자산에는 변동이 없이 단순히 주주지분만 결합하는 지분통합법에서는 결합참여회사의 자산, 부채, 자본을 장부가액으로 승계할 수 있다.

다만 승계한 자본금과 지분통합을 위해 발행한 주식의 액면금액이 다를 경우 자본의 구성 내용이 달라질 수는 있다.

이때 장부가액을 승계하기 때문에 영업권 또는 부의 영업권은 발생하지 않는다.

현실적으로는 일정한 요건을 충족해 지분통합법이 적용될 수 있는 합병은 흔치 않을 것이기 때문에 대부분 매수법을 적용해야 한다고 본다.

▷지배종속간의 합병 회계처리=지배회사와 종속회사는 지배종속관계가 성립되는 시점에 이미 하나의 경제적 실체가 형성된다.

지배종속관계 성립일 이후의 합병은 법률적 실체의 변경만을 가져올 뿐 경제적 실체는 변동이 없다.

이에 따라 지배종속회사간의 합병은 경제적 실체형성을 감안해 연결재무제표상의 장부가액을 반영해 회계처리한다.

지배종속간의 합병회계 처리는 법률적 기업결합 이전, 즉 지배종속관계가 성립하는 시점에 실질적으로 기업결합이 이뤄졌다는 경제적 실질을 반영한다는 점에서 특징이 있는 것이다.

즉 연결재무제표상의 장부가액을 승계한다고 해 지분통합법을 적용한다고 할 수는 없다.

해결방안
개정된 기업인수·합병 등에 대한 회계처리준칙에 따르면 지분통합법이 적용되는 합병과 연결회계기준에서 정하는 지배·종속회사간 또는 종속회사간의 합병을 제외하고는 시가평가에 의한 합병회계 처리를 하도록 하고 있다.

▷실무상 시가평가에 의한 합병이 일반적임

법인세법 제44조의 합병평가차익 과세이연 규정을 보더라도 세무상으로도 시가평가에 의한 합병을 원칙으로 하고 있다.

그러나 상기 장부가액 승계조건을 보면 시가평가에 의한 합병과 장부가액에 의한 합병이 선택 가능한 것처럼 여겨지는 모순이 있다.

이월결손금 승계는 장부가 합병에만 용인되기 때문에 법규정의 실효성은 거의 없다.

합병회계와 관련해 법인세법에서도 시가법과 원가법간의 일관성이 없으며, 기업회계에서는 시가법적용을 원칙으로 하고 있을 뿐 아니라 시가법 적용이 실무에서 보편적인 것과도 조화를 이루지 못하고 있다.

이에 따라 법인세법상 합병시 이월결손금 승계조건 가운데 장부가액 회계처리 조건은 조세혜택의 실효성을 떨어뜨리고 있다.

왜냐하면 기업회계상 장부가액 회계처리는 지분통합법이 적용되는 합병과 연결회계기준에서 정하는 지배·종속회사간 또는 종속회계간의 합병 같은 예외적인 경우에만 적용되기 때문이다.