-보세공장의 종류 구분(수출용, 내수용) 폐지로 자유로운 물품 이동 허용(2001.8월)
〈현 행〉 보세공장을 수출용·내수용·겸용으로 구분하여 특허하고, 특허종류별로 물품이동을 제한함으로써 자유로운 기업활동을 저해
〈개 선〉 보세공장의 종류구분을 폐지해 수출용 보세공장에서 제조된 물품이 대외여건상 수출이 곤란해 내수용으로 사용하고자 하는 경우 신축성 있는 대응이 가능하도록 개선

-보세공장 외 및 자유무역지역 외의 작업장에 직접 반입하는 물품도 환급 허용 (2001.8월)
〈현 행〉 보세공장 및 자유무역지역에 반입하는 환급대상물품의 경우 반드시 보세공장(자유무역지역)에 반입하여 반입확인을 받은 후에 보세공장 외의 작업장(자유무역지역 외의 작업장)으로 반입해야만 환급이 가능
〈개 선〉 보세공장 및 자유무역지역에 반입하지 않고 보세공장 외의 작업장(자유무역지역 외의 작업장)으로 직접 반입하는 경우에도 환급을 받을 수 있도록 개선
※수출용 원재료를 역외 작업장(장외 작업장)으로 직접 반입함에 따른 업체의 물류비용 절감은 연간 86억원에 달함.

-관세자유지역의 조기 지정 및 활용 극대화를 위한 지원 강화(2001.12월)
〈현 행〉 해양수산부 및 지자체는 부산항 광양항 인천항 인천국제공항에 대해 관세자유지역 지정을 추진중
〈개 선〉 최적의 지역이 조기에 지정될 수 있도록 관계부처와 협의·추진
관세자유지역의 신속한 물품 반출입이 가능하도록 효율적 운영체계를 마련

-개별 수출업체 및 미분양산업단지 등에 대한 종합보세구역 지정 활성화(2001.8월)
〈현 행〉 개별기업보다는 지역단위 또는 이미 분양이 완료된 산업단지를 중점적으로 종합보세구역으로 지정(예:부산 감천항)
〈개 선〉 연간 수출실적 1천만달러이상인 수출업체 및 미분양산업단지 등에 대한 종합보세구역 지정을 활성화(예:충남 연기군 전의·월산 산업단지)
이번 협의회에서 제기된 대한항공 우주사업본부 김해공장의 종합보세구역 지정요청 수용(2001.9월)