관세청, 수정수입세금계산서 발급 지침 마련…26일까지 업계의견 수렴

의견 수렴 후 최종 지침 마련해 내년 1월부터 전국세관에서 시행

이명구 관세청장 "투명하고 예측 가능한 납세환경 조성" 기대 

 

특수관계자 거래 시 특수관계자 간 상호출자 현황은 물론, 수입물품 가격산출 내역 등 내부가격 결정자료와 국제거래가격 정책자료를 세관에 제출해야 한다.

 

또한 특수관계자 간 권리사용료, 기술도입료 및 수수료 등에 관한 계약서 등 총 10가지 서류 등도 세관에 제출해야 한다.

 

관세청은 부가가치세법령에서 규정하고 있는 수정수입세금계산서 미발급 기준에 대한 실무 운영 가이드라인을 담은 ‘수정수입세금계산서 발급 지침’을 마련한 데 이어, 5일부터 26일까지 외부 의견수렴 절차에 착수했다.

 

이번에 마련된 지침은 의견수렴 절차를 거쳐 내년 1월1일부터 일선 세관에서 수정수입세금계산서 발급 업무에 즉시 적용된다.

 

앞서 관세청은 불명확한 미발급 사유로 인해 세관과 수입기업 간의 행정적 해석 논란이 이어지고, 이에 따른 기업의 행정적 부담이 늘어남에 따라 수정수입세금계산서 미발급 사유별 처리 기준을 구체화하기 위해 각계 의견을 수렴했다.

 

각계 의견을 수렴한 끝에 마련된 이번 지침은 미발급 사유별 처리 기준을 구체화해 납세자의 예측 가능성을 높이고, 전국 세관의 발급 업무 기준을 통일하는 등 법적 안정성을 제고할 수 있을 전망이다.

 

이와 관련, 수입자가 수입 시 세관에 납부한 부가가치세는 수입세금계산서를 발급받아 추후 부가가치세 신고 시 매입세액으로 공제받아 납부세액을 줄일 수 있다.

 

이 과정에서 과세표준이나 세액이 변경되면 매입세액 공제 금액도 달라지므로 이를 정확히 반영하기 위해 수정수입세금계산서가 필요하다.

 

원칙적으로 세관장의 경정 또는 수입자의 수정신고 시 수정수입세금계산서가 발급되지만, 관세포탈 행위 등 부가가치세법령상 일정 기준에 해당하는 경우에는 발급이 제한돼 추가로 납부한 부가가치세에 대해 매입세액 공제를 받을 수 없다.

 

○수정수입세금계산서 미발급 기준(부가가치세법)

관련 법령 : 부가가치세법 제35조 제2항 및 부가가치세법시행령 제72조 제4항 ‣ 미발급 사유 1. 관세포탈 등의 사유로 고발되거나 통고처분 받은 경우 2. 부정한 행위로 관세의 과세표준 또는 세액을 과소신고한 경우 3. 대통령령으로 정한 중대한 잘못이 있는 경우 1) 특수관계거래에 대한 과세자료 미제출 또는 거짓 제출 2) 관세조사 등 결과 통지에도 같은 오류를 다음 신고시 반복 3) 보정신청을 하도록 통지하였으나 보정·수정을 하지 않는 경우 4) 가격신고시 수입거래에 관한 사항을 적은 서류 및 과세자료의 내용이 객관적 사실과 명백히 다른 경우 등 해당 서류 또는 과세자료에 중대한 하자가 있는 경우

<자료-관세청>

발급 지침에 따르면, 특수관계자 거래시 과세자료 미제출에 대한 미발급 조항에서는 제출 대상 과세자료의 종류를 구체적으로 규정하고, 반복 오류에 대한 미발급 조항에서는 반복 오류 유형 구분표가 마련됐다.

 

특수관계자 거래 시 과세자료 미제출에 해당하는 사례도 구체적으로 적시돼, 납세자로부터 제출받은 자료에서 거짓이 확인되는 경우, 세관장에게 요구받은 자료 전부 또는 일부를 제출하지 않은 경우 등은 과세자료 미제출로 보아 수정수입세금계산서가 발급되지 않는다.

 

관세조사·세액심사 등을 통해 납세자가 통지받은 오류를 반복하는 경우도 수정수입세금계산서가 미발급되며, 이번 지침에선 오류 유형들로 △동일한 물품을 상이한 세법으로 적용한 오류 △수수료·중계로 등 성격이 동일한 수수료의 누락 △생산지원(물품·용역) 비용 누락 등이 규정됐다.

 

보정통지 미수정에 대한 미발급 조항에서는 발급대상으로 보는 정당한 사유의 해당 범위가 지정돼, 납세자가 보정·수정하지 않은 정당한 사유로 ‘천재지변·관세조사 진행 중·불복(소송) 진행 중’ 등을 예시한 뒤, 해당 사안이 있는 경우 의견 제출의 기회를 부여하고 세관장 검토 후 수정수입세금계산서 발급 여부를 결정하도록 했다.

 

이외에 미발급 사유가 되는 중대한 하자의 종류도 지침에 규정해, △가격신고시 과세가격결정자료를 거짓으로 제출한 경우 △관세조사 등을 통해 특수관계에 해당함을 문서로 통지받은 후에 사실과 다르게 2회 이상 특수관계에 해당하지 않는다고 신고한 경우 △잠정가격신고 대상이 아님을 문서로 통보받은 후에 이의제기가 없고 사실관계가 변경되지 않았음에도 2회 이상 잠정가격신고를 하는 경우 등이다.

 

한편, 이명구 관세청장은 “이번 지침으로 수정수입세금계산서 발급과 관련한 납세자의 혼란이 최소화되고, 세관 업무의 통일성 또한 확보되는 등 투명하고 예측 가능한 납세환경이 조성될 수 있을 것으로 기대한다”며, “수렴 기간 중 접수된 의견을 면밀히 검토해 최종 지침에 적극 반영하겠다”고 밝혔다.