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구독하기 2025.08.27. (수)

내국세

서울청, 접대비 감소하고 광고선전비 증가했다며 제약사 세무조사 했지만

법원 "리베이트 객관적 자료 없이 세무조사…조사권 남용"

 

‘리베이트 쌍벌제’를 피하기 위해 변칙 리베이트를 제공해 세금 탈루했다는 객관적 증거가 없는 데도, 세무조사를 실시해 세금을 부과하는 것은 위법하다는 법원 판단이 나왔다.

 

27일 법조계에 따르면, 서울행정법원 5부는 지난달 10일 A제약회사가 용산세무서장을 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송에서 원고 승소판결을 내렸다.

 

서울지방국세청은 2020년 수시 세무조사 대상에 A제약회사를 선정, 법인세 등 통합조사를 실시했다. ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당한다는 이유였다. 

 

2010년 11월부터 의약품 및 의료기기 거래에서 불법 리베이트를 제공한 자와 수수한 자 모두를 처벌하는 ‘리베이트 쌍벌제’가 실시되자, 학술지 등 잡지사나 행사대행사 등이 제약업체를 대리해 학술대회를 지원하는 형식으로 변칙 리베이트가 제공됐다.

 

서울청은 A제약회사가 과거 거래했던 의학전문잡지사가 리베이트 혐의로 검찰 조사를 받은 점, 2014년 6월 세무조사 이후 접대비가 감소하고 광고선전비가 증가한 점을 근거로 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있다고 보아 세무조사 개시 사유로 삼았다.

 

조사 과정에서 조사대상 과세기간은 당초 2014년~2018년에서 2014~2019년 과세연도로 확대됐으며, 2020년 5월11일 종료 예정이던 세무조사 기간은 7월2일까지 늘어났다.

 

조사 결과, 서울청은 A제약회사가 의료인·가족에 지출한 숙박비·식사비 등 심포지엄 경비, 학회 시상금을 접대비 및 비지정기부금으로 판단했다. 또한 연구용역비 5억원을 가공용역으로 보는 등 연구인력개발비, 수수료, 대표이사의 미국대학교 경영교육프로그램 교육비 등 소득금액을 경정해 용산세무서장에 통보했다.

 

이에 따라 용산세무서장은 A제약회사에 총 16억1천만여원의 법인세와 2억5천만여원의 부가가치세를 부과했다.

 

이에 불복한 A제약회사는 “중대한 절차상 하자가 있는 세무조사로, 과세처분이 위법하다”고 주장했다. 

 

재판부는 세무조사권을 남용한 위법한 세무조사라고 판단했다. 재판부는 “A제약회사가 리베이트를 제공했다고 단정지을 수 없고, 접대비 감소와 광고선전비 증가가 조세탈루의 개연성이 객관적이고 합리적인 자료로 뒷받침돼 상당한 정도로 인정되는 경우에 해당한다고 보기 어렵다”고 A제약회사의 손을 들어줬다.

 

또한 “당초 탈루 혐의가 의심된 심포지엄 경비와 시상금 외에도 연구용역비, 연구인력개발비, 대표이사 교육비 등 조사영역을 확장한 것은 전체 회계자료와 기존 세금신고 내용을 일일히 대조하는 ‘법인세 통합조사’의 형태로 이뤄졌기 때문”이라고 봤다.

 

그러면서 “이는 막연한 추측에 기반해 조사범위를 확대한 것으로, 세무조사의 최소성의 원칙에도 위반되는 것”이라며 법인세와 부가가치세 부과 처분을 모두 취소하라는 판결을 내렸다.



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