장혜영 의원 "법안 개정 8개월 지나 시행령 개정"
기재부 "법령 개정 차질 없이 진행…제도개선 추진"

지난해 반도체 등 국가전략기술 분야 투자세액공제를 받은 기업은 한곳도 없는 것으로 나타났다. 기획재정부의 시행령 개정이 늦어지면서 국가전략기술 여부를 판단하는 심의를 받지 못한 것이 원인이다.
장혜영 의원(정의당)이 21일 기획재정부로부터 입수한 자료에 따르면, 지난해 통합투자세액공제 중 반도체가 포함된 국가전략기술 분야로 세액공제를 신고한 기업은 한곳도 없었다.
정부는 2021년 세법개정을 통해 반도체·배터리·백신 등을 국가전략기술로 지정하고, 법인세 감면율을 대기업 6%, 중견기업 8%, 중소기업 16%로 올렸다.
통합투자세액공제 일반 공제율은 대기업 1%, 중견기업 5%, 중소기업 10%인 점에 비교해 보면 삼성전자 등 대기업의 반도체 투자분의 공제율은 6배(1→6%)로 늘어났다.
그러나 정부는 법안 통과에도 불구하고 국가전략기술 범위를 규정하는 시행규칙을 이듬해 2월10일 입법예고하고 3월18일 개정 완료했다.
특히 국가전략기술을 심의하는 절차를 규정한 시행령은 4월말이 돼서야 입법예고했다. 국가전략기술 세액공제를 받기 위해서는 법령상 심의위원회의 심사를 받아서 국가전략기술로 인정을 받아야 하는데, 기존 신성장·원천기술만 심의할 수 있었던 국가전략기술 심사기능을 부여할 필요가 있었기 때문이다.
시행령은 3월의 법인 결산시즌을 훌쩍 넘긴 7월이 돼서야 개정됐다. 법안이 개정된 후 8개월이 지나서야 개정이 완료된 것이다.
이에 따라 조세지출예산서상 2021년 통합투자세액공제 감면액 1조3천459억원 중 국가전략기술 세액공제는 포함되지 않았다.
이에 대해 기재부는 보도설명자료를 통해 "지난해 법인세 신고시 국가전략기술 사업화시설 투자 신고실적이 없는 이유는 시설인정 심의 등의 절차를 거쳐야 하기 때문"이라며 “국가전략기술 사업화시설 대상 확정(2022년 3월18일 시행규칙 개정) 등 하위 법령 개정을 차질없이 진행했다”고 반박했다.
또한 “2021년 하반기 투자의 경우 지난해 3월18일 국가전략기술 사업화시설 대상 확정 이후 지난해 3월 법인세 신고시까지 시설인정 심의 등의 절차를 거치는 것이 실질적으로 어려워 공제 실적이 없다“면서 ”해당 투자의 경우 추후 시설인정 절차를 거쳐 국가전략기술로 세액공제를 받게 된다“고 밝혔다.
국가전략기술 및 신성장 사업화시설 세액공제와 관련한 제도 개선 추진도 설명했다.
정부는 투자애로 요인 해소를 위해 국가전략기술 등 세액공제율을 우선 적용받고 사후에 국가전략기술 등 사업화시설로 인정받는 것을 허용하는 조세특례제한법 시행령 개정을 지난 3일까지 입법예고했다.
현재 국가전략기술 및 신성장 사업화시설 심의·인정에 소요되는 기간 등에 따라 투자 기업들은 법인세 신고 시 국가전략기술 등으로 세액공제 받지 못하고 시설인정 이후에 국가전략기술 등 세액공제율을 적용받고 있기 때문이다.
한편 기획재정부는 반도체를 비롯한 국가전략기술의 설비투자 세액공제를 대기업과 중견기업은 8%에서 15%로, 중소기업은 16%에서 25%로 높이는 내용의 조특법 개정안을 국회에 제출했다.
직전 3년 동안 연평균 투자금액을 초과해 투자하는 경우 올해까지는 10% 추가 공제를 해주는 내용도 포함시켰다. 추가공제 적용 시 대기업은 최대 25%, 중소기업은 최대 35%까지 세액 공제가 가능하다.
그러나 장혜영 의원은 세액공제 실행 관련 데이터가 없는 상황에서 정책적 효과를 판단하기 어렵다며 법안 통과에 반대했다.
장혜영 의원은 “한 차례도 세액공제가 실행된 적이 없는데 공제액만 6→8→15%로 두차례 상향되는 상황”이라며 “정부가 말로는 시급하다고 하면서 제도 여건은 마련하지 않는 모습을 보니, 실제 대외환경보다도 대기업 감세라는 현 정부의 이념적 목표에 급급한 정책 추진이라는 생각이 들지 않을 수 없다”고 비판했다.