국세청이 소송 결과 법인세 과세근거가 잘못된 사실이 인정됐는 데도 소송 당사자가 아니라는 이유로 동일 사건의 또다른 사업자에 잘못 부과한 법인세를 취소 거부하는 것은 부당하다는 국민권익위원회의 결정이 나왔다.

국민권익위원회는 정상적 거래가 인정된 사업자에 잘못 부과한 법인세를 취소하도록 관할세무서에 시정권고했다고 22일 밝혔다.

권익위에 따르면, 축산물 도소매업체인 A업체와 B업체는 C업체에 수입육을 팔고 계산서를 발행했다.

문제는 C업체의 세무조사에서 불거졌다. C업체를 세무조사하던 지방국세청은 A업체, B업체, C업체가 수입육 실물 거래 없이 거짓으로 계산서를 발행하고 받은 것으로 판단했다. 이후 관할세무서장은 이를 바탕으로 작성된 과세자료에 근거해 A업체와 B업체에 법인세를 부과했다.

이에 불복한 B업체는 소송을 제기했다. 소송 결과 수입육을 실물로 팔고 받은 정상적인 계산서로 인정받아 법인세가 취소됐다.

그러자 A업체는 “B업체와 상황이 동일한 데도 법인세를 취소하지 않는 것은 부당하다”며 권익위 문을 두드렸다.

권익위는 B업체가 제기한 소송 판결에 따를 때 발행된 계산서가 수입육 실물을 거래하고 발급한 계산서라는 점을 확인했다.

또 과세자료와 조사보고서를 볼 때, A업체와 B업체에 대한 과세처분의 주요 사실관계 및 과세근거가 같다는 점도 살폈다. 권익위는 사실관계 및 과세근거가 동일한 만큼 판결의 법리를 A업체에게 그대로 적용하는 것이 타당하다고 봤다.

또한 A업체가 소송당사자가 아니라 B업체가 제기했던 소송판결의 기판력이 미치지 않았다는 이유로 법인세를 취소하지 않는 것은 과세 형평에 어긋나고 권익 구제 측면에서 현저하게 부당한 결과를 초래한다고 판단했다.

권익위는 이러한 점을 종합적으로 고려해 과세관청에 A업체에 대한 법인세를 취소토록 시정권고했다.