올 1월1일 이전에 취득한 비사업용토지 양도시 장기보유특별공제의 보유기간 기산일이 현행 '2016년 1월1일'에서 '토지 취득일'로 조정된다.

기획재정부는 28일 이같은 내용 등을 담은 '2016년 세법개정안'을 확정하고 정기국회에 제출할 예정이라고 밝혔다.

개정안에 따르면, 기부자가 기부장려금과 기부금 세액공제를 중복 신청할 경우 기부금 세액공제를 적용하지만, 기부장려금 지급 신청기한(6월말) 경과 후에 기부금 세액공제를 신청한 경우에는 기부장려금을 적용한다.

창업중소기업에 대한 세액감면 요건을 보완해 벤처기업확인서상 유효기간 만료시 만료일이 속하는 과세연도부터 감면배제하고, 중소기업 유예기간 적용 배제사유 해당시 사유 발생일이 속하는 과세연도부터 감면배제키로 했다.

중소기업 지방이전 세액감면 제도와 관련, ▷중소기업 외 기업과 합병하는 경우 ▷유예기간중인 법인과 합병 ▷소유 및 경영의 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못하는 경우 ▷창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내에 중소기업기준을 초과하는 경우를 감면중단 사유로 신설했다.

종업원이 발명진흥법상 지급받는 직무발명 보상금은 근로소득에 포함하고, 직무발명 보상금(출원·등록·실시보상 등 포함)으로서 일정금액 이하 보상금은 비과세하기로 했다.

비상장법인의 소액주주 임원에 대한 사택제공이익도 비과세하고, 대손금 인정되는 보증채무 대위변제 구상채권 범위에 '건설산업기본법에 따라 등록한 건설회사가 특수관계인 외의 자에게 건설사업과 직접 관련해 제공한 채무보증'을 추가했다.

복리후생비 손금항목 중 '직장연예비' 명칭을 '직장 문화·예술비'로 명확히 하고, 국외사업자 용역공급 특례 적용대상을 '중개인'까지 확대했다.

동거주택 상속공제 금액은 현재는 '상속주택가액×80%'로 계산하는데, '[상속주택가액-해당 자산에 담보된 채무]×80%'로 개선키로 했다.

매매거래가 정지되거나 관리종목으로 지정된 상장주식의 평가방법과 관련, 보충적 평가적용 요건이 '평가기준일 전후 2개월 이내에 매매정지·관리종목의 지정기간이 포함되는 경우'로 개선된다.

공무원 의제 대상기관에 국제원산지정보원, 한국AEO진흥협회, 한국무역통계진흥원이 추가돼 뇌물죄 처벌시 공무원으로 의제된다.

이밖에 '무역위원회 조사신청'이 있을 경우에도 지식재산권 침해 우려물품의 통관보류를 연장할 수 있고, 덤핑방지관세·상계관세 부과시 고려사항에 '국내 시장구조(독·과점 등)'를 추가했다.