서울지방국세청에 대한 감사원의 기관운영감사 결과, 허위기재 세금계산서 합계표를 제출하지 않은 법인에 대한 범칙처분이 부적정했다는 지적이 나왔다.

22일 감사원에 따르면, 서울지방국세청은 지난해 5월 주식회사 A에 대한 조세범칙조사를 실시한 결과 법인 대표가 금융권 대출을 받기 위해 매출액을 부풀릴 목적으로 2012년 10월 2기 부가세예정 신고를 하면서 27억원 상당의 가공거래금액을 매출처별 세금계산서합계표에 기재해 제출한 사실을 적발했다.

따라서 서울청은 위 법인의 무거래 세금계산서 발급행위와 허위기재매출처별 세금계산서합계표 제출행위를 각각 별개의 범칙행위로 보아, 이를 합산한 ‘공급가액 등의 합계액’이 54억원인 만큼 통고처분을 거치지 않고 즉시 고발해야 했다.

하지만 서울청은 무거래 세금계산서 발급행위와 허위기재 세금계산서합계표 제출행위를 각각 별도의 범칙행위로 구분하지 않아 즉시 고발하지 않았다.

아울러 지난해 6월 주식회사 A에 통고처분을 하면서도 무거래 세금계산서 수수행위에 대해서만 벌금상당액 2억 7천여만원에 대해 통고처분을 했을뿐, 허위기재 매출처별 세금계산서합계표 제출행위에 대해서는 통고처분을 하지 않았다.

이와함께 서울청은 허위기재 세금계산서합계표 제출관련 범칙처분 부적정명세서와 같이 가공거래와 관련 공급가액 등의 합계액이 30억원이 주식회사 4개 법인의 실행위자 3명을 즉시 고발하지 않았으며, 벌금상당액을 납부하도록 통고처분을 하면서 무거래 세금계산서 수수행위에 대해 통고처분을 하고 허위기재 매출·매입처별 세금계산서 합계표 제출행위에 대해서는 통고처분을 누락한 것으로 드러났다.

이에 감사원은 서울지방국세청에 대해 범칙처분이 누락된 주식회사 4개 법인(실행위자 3명)의 범칙행위에 대해 조세범처벌법에 따라 추가로 통고처분 또는 고발조치하고, 앞으로 허위기재 매출·매입처별 세금계산서합계표 제출행위에 대한 범칙처분을 누락하거나 즉시 고발대상을 고발하지 않는 일이 재발하지 않도록 시정조치를 내렸다.