각각의 세법에서 다르게 규정된 종교단체 및 공익법인의 정의규정을 국세기본법에서 일괄해 규정하는 한편, 국무총리 소속의 별도 위원회를 두어 비영리법인에 대한 공익성 심사가 강화해야 한다는 주장이 제기됐다.

특히, 종교인이 종교법인으로부터 받는 금품에 대해 현행 소득세법 시행령에서는 기타소득으로 규정하고 있으나, 이와달리 근로소득으로 규정하는 타당하다는 의견 또한 제시됐다.

서희열 강남대교수와 최병곤 세무학박사는 지난 25일 열린 한국세무학회 춘계포럼에서 ‘종교단체의 과세제도에 관한 연구’ 논문발표를 통해 현행 종교단체 및 종교인에 대한 과세제도의 입법론적 개선방안을 제시했다.

이와관련, 현행 세법에서는 종교단체에 대해 법인세·상속세·증여세·부가세·지방세 등을 비과세하거나 면제하고 있으며, 종교단체에 지출하는 기부금에 대해서는 손금 또는 필요경비에 산입하거나 세액공제를 허용하는 등 종교단체의 설립과 활동을 세제상의 지원 또는 장려하고 있다.

또한 종교인에 대해서는 2013년 11월5일 소득세법시행령 제41조 제10항을 개정해, 소속된 종교단체로부터 받은 금품을 기타소득으로 규정했으나, 시행을 유예하고 있다.

두 연구자들은 무엇보다 종교단체에 대한 정의를 각각의 세법에서 제각각 규정하고 있는 등 혼란이 초래되고 있음을 지적하며, 국세기본법에 종교단체와 공익법인에 대한 정의를 규정하는 한편, 비영리법인의 설립부터 운영·공익성검증·사후관리를 통한 면세의 공익성 심사를 강화하기 위해 국무총리 소속으로 검증위원회를 설치·운영할 것을 제안하고 있다.

종교단체의 투명성을 제고하고, 사회적 기부문화 및 종교활동을 장려하기 위한 다양한 방안도 제시해, 종교단체의 수익사업 가운데 영리기업과 경쟁관계에 있지 않은 소득에 대해서는 수익사업소득 범위에서 제외하는 한편, 이자소득에 한해 인정하는 신고특례제도를 배당소득까지 확대토록 주장하고 있다.

이와함께 종교단체가 취득한 부동산의 경우 3년내 고유사업에 직접 사용하지 않은 경우 취득세나 재산세 등의 면제를 취소토록 하고 있는데 대해, 고유목적사업에 대한 판단 기준을 법령에서 구체적으로 규정해야 함을 덧붙였다.

정부가 시행을 유예중인 종교인 과세와 관련해선, 소득에 대한 성격 규정시 기타소득이 아닌 근로소득으로 보아야 하는 등 향후 본격적인 과세에 대비한 입법론적 대안을 제시했다.