이른바 '부분 세무조사' 이후 동일한 세목·과세기간의 나머지 항목에 대한 세무조사도 국세기본법에서 금지하는 재조사에 해당한다는 대법원 판결이 나왔다.

대법원 제1부는 의료기기 회사인 S사가 서울지방국세청장을 상대로 낸 '세무조사결정행정처분취소' 상고심에서 원고일부승소 판결한 원심을 깨고 사건을 지난달 26일 서울고법으로 돌려보냈다.

이번 사건의 쟁점은 국세기본법에서 금지하는 재조사의 범위를 어디까지 규정하느냐 였다.

국세기본법에서는 조세탈루를 명백하게 인정할 만한 상황이 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 재조사할 수 없도록 규정하고 있다.

또 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련된 것으로 확인된 경우 등을 제외하고는 조사진행 중에 조사범위를 확대할 수 없도록 하고 있다.

대법원은 판결문에서 "세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대해 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 특정 항목에 대해서만 세무조사를 한 경우에도, 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대해 세무조사를 하는 것은 국세기본법에서 금지하는 재조사에 해당한다"고 밝혔다.

또 "세무공무원이 당초 세무조사를 실시한 특정 항목을 제외하고 다른 항목에 대해서만 다시 세무조사를 한 경우도 마찬가지"라고 덧붙였다.

한편 서울지방국세청장은 2011년 7월 S사에게 조사대상 세목을 '법인세 부분조사', 조사대상기간을 '2006.1.1.~2010.12.31까지', 조사범위를 '본사 지방이전에 따른 임시특별세액감면과 관련된 사항'으로 통지하고 조사를 실시했다.

이듬해 3월 다시 S사에게 조사대상 세목을 '법인제세 통합조사', 조사대상기간을 '2009.1.1.~2010.12.31까지'로 통지하고 조사를 재실시했다.