지방소득세 과세체계 개편으로 법인세와 법인지방소득세가 분리된 가운데, 부처간 과세자료 공유시스템이 갖춰지지 않아 기업들은 동일한 신고서류를 이중 제출하는 부담을 안게 됐다.

13일 행자부와 국세청에 따르면, 2014년 12월말 결산법인은 이달 31일까지 관할세무서에 법인세를 신고 납부해야 하며, 다음달 30일까지는 관할 지자체에 법인지방소득세를 신고 납부해야 한다.

종전에는 신고 납부할 법인세액의 10%를 법인세신고때 지방소득세로 신고 납부하면 끝이었지만, 올해부터는 지방소득세 과세체계 개편으로 법인세신고를 한 후 법인지방소득세 신고를 별도로 해야 한다.

문제는 납세자가 법인세 신고때 제출한 신고서류를 법인지방소득세 신고때 또 제출해야 한다는 점이다.

이중 제출해야 하는 서류는 재무상태표, 포괄손익계산서, 이익잉여금처분(결손금처리)계산서, 기타 부속서류 및 현금흐름표, 표시통화재무제표·원화재무제표, 피합병법인 등의 재무상태표, 합병·분할로 승계한 자산·부채 명세서 등이다.

이는 국세를 징수하는 국세청과 지방세를 징수하는 행자부간 시스템 미비로 신고자료 공유가 이뤄지지 않고 있기 때문이다.

A기업 재무팀 한 관계자는 “똑같은 신고자료를 두 곳에 따로따로 제출하라는 것은 행정편의주의 발상”이라고 지적했다.

이와 관련 행자부 관계자는 "우선 과세관청이 다르고 세목도 상이해 해당 자료를 두 번 제출하게 된 것"이라며 "올해는 중복 제출해야 하지만 이르면 내년부터 개선할 계획을 갖고 있다"고 밝혔다.