조세계 핫이슈인 '신축주택 취득자의 양도소득세 추징' 사건이 대법원 판결로 일단락됐다.

대법원 특별2부는 11일 이모씨가 제기한 경정청구거부처분취소 사건에 대해 상고기각, 다른 이모씨가 제기한 종합부동산세등부과처분취소 사건에 대해 파기환송(일부), 함모씨가 제기한 양도소득세부과처분취소 사건에 대해 파기환송(일부)했다.

'신축주택 취득자의 양도소득세 추징' 사건은 정부가 IMF사태 이후 국내 부동산경기를 진작시키기 위해 신축주택 취득자에 대해 양도세 과세특례 규정을 둬 세금감면 혜택을 부여했는데, 갑자기 지난 2011년말 전후로 과세관청이 과세특례 배제에 따라 서울지역에서만 선별 추징에 나서자 세무사들이 집단으로 소송을 제기한 게 요지다.

문제의 발단은 '조세특례제한법 99조 및 99조의3' 규정의 적용을 놓고 과세관청과 납세자가 첨예한 대립을 보인데서 시작됐다.

이 규정의 골자는 신축주택(부수토지 포함)을 취득해 취득한 날로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 100% 감면해 주고, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 빼도록 돼 있다.

그런데 기존주택에서 살다가 이를 멸실하고 신축주택을 지어서 양도하는 경우, 기존주택을 취득한 시점부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득에 대해 납세자와 세무사들은 ‘감면’, 과세관청은 ‘과세’로 봐 논란을 빚은 것이다.

대법원은 이날 사건명은 다르지만 신축주택 취득자의 양도세 추징과 관련한 3개 사건에 대해 판결을 내림으로써 논란에 종지부를 찍었다.

앞서 서울고법은 지난해 5월 재건축을 통해 취득한 신축주택을 5년 이내 양도할 경우 면제되는 양도소득세액은 신축주택 취득일로부터 양도일까지 양도소득에 한정되고 신축주택 취득일 이전 양도소득은 면제대상이 되지 아니하나 감면소득금액을 계산함에 있어 법적 근거 없이 조특법 시행령 제40조의 계산식을 준용한 것은 위법하다고 납세자의 손을 들어줬다.

한편 이번 소송은 안수남 세무법인 다솔 대표이사, 김일환 세무사 등이 '신축주택 감면 공동연구회'라는 모임을 만들어 유사 추징사례를 수집한 후 법무법인 광장에 의뢰·진행했다.