기획재정부가 조세특례제한법을 개정해 중고차에 대한 의제매입세액공제제도를 축소키로 하면서 올초 국회에 제출됐던 '마진과세' 도입방안이 9월 정기국회에서 다뤄진다.

기획재정부는 지난 6일 2014년 세법개정안을 발표하면서 중고차에 대한 의제매입세액공제를 적용기한은 연장하고 공제율은 축소키로 했다.

올해 말까지인 의제매입세액공제 적용기한을 2017년말까지 3년 연장하되, 공제율은 '취득가액의 9/109'에서 2015~2016년까지는 '7/107', 2017년부터는 '5/105'로 단계적으로 축소키로 한 것.

중고차에 대한 의제매입세액공제제도는 세금계산서를 발급할 수 없는 개인이나 간이사업자로부터 중고자동차를 취득하는 사업자에 대해 적용하는 제도로, 매입시 실제 부담한 부가가치세는 없지만 재활용 촉진을 위해 구입가격의 9/109를 매입세액으로 간주해 세액공제하는 제도다.

통상 중고차 거래시장은 매출액을 실거래가보다 낮게 신고하는 관행 등 상대적으로 거래투명성이 낮다.

따라서 높은 공제율 혜택까지 부여할 경우 부당공제 수단으로 악용될 소지가 다분하다.

이와 관련 기재부는 재활용 촉진이라는 의제매입세액공제제도의 취지에 따라 적용기한은 연장하되 공제율은 축소한 것이라고 설명했다.

이에 앞서 지난해 국회 기재위는 마진과세 도입 검토를 전제로 중고차에 대한 의제매입세액 공제율(9/109)은 유지하고 일몰은 1년 연장했다.

EU에서 시행하고 있는 마진과세는 마진(매출액-매입액)에 세율을 적용해 VAT를 계산하는 제도로 공제율 10/110 적용효과가 있지만, 수출기업 등은 현행보다 불리하고 제도전환비용 및 납세협력비용이 과다하다는 단점이 있다.

기재부는 올 2월 임시국회 기재위 조세소위에 마진과세 도입방안을 보고한 바 있다.

기획재정부는 정기국회 세법심의시 정부안과 함께 마진과세 도입방안에 대해 논의할 계획이라고 밝혔다.