지방재정제도 개편에 대한 중요한 논의들이 진행되고 있다. 분권교부세는 2009년을 시한으로 한시적으로 운영하는 제도인데, 시한이 종료된 이후 예정대로 지방교부세에 포함시킬 것인지 아니면 전부 또는 일부를 국고보조금으로 전환할 것인지가 중요한 이슈가 된다. 부동산교부세는 종합부동산세 수입을 지방자치단체에 교부하는 것인데 헌재의 판결과 현 정부의 부동산세 부담 완화방침으로 인해 세수입이 크게 줄어 그에 대한 대응책이 필요하다. 또한 2008년 세제개편안에 교육세 등 목적세 정비방안이 포함돼 있는데, 지방교육재정에 사용되던 교육세가 본세에 통합된다면 그만큼 보통세 수입이 증가하고 지방교육재정은 감소하므로 교육재정교부금의 교부율을 조정할 필요가 있다.

이들 이슈들은 이미 정해진 일정에 따른 것이거나 다른 제도의 변화에 따라 불가피하게 발생하는 후속조치인데 비해 수도권 규제 합리화에 대응한 비수도권 지원방안에 대한 논의는 새로운 이슈이다. 과도한 수도권 규제를 합리화함으로써 수도권이 상대적으로 이득을 얻는데 대한 반대급부로서 비수도권을 재정적으로 지원하는 방안을 모색하는 것인데, 어떤 방법이나 수단을 선택하든간에 국가와 지방간, 특히 수도권과 비수도권간 재원배분구도의 변화가 나타날 것으로 예상된다. 지방소득·소비세 도입안은 국세의 기간세목인 소득·법인세와 부가가치세의 일부를 지방으로 이전해 지방 자체재원을 확대한다는데 목적을 두고 있는 것으로써 그 자체로서 국가재원의 지방이전을 의미하는 것이며, 이러한 효과를 상쇄하기 위해서는 반대방향으로 지방교부세제도를 개편해야 한다.

이들 이슈들은 대체로 수년전부터 예견·제기됐던 것들이며, 각각 독립적으로 개편이유를 갖고 있고, 더이상 미루기 곤란한 것들도 있다. 그래서 정권 출범 이후 다양한 개편안이 논의됐으나 부처간·지역간 견해차이가 있어 합의에 도달하지 못하고 금년도에 합의안을 만들어 보고자 논의를 재개하고 있다. 

그런데 논의를 시작하는 현 시점에 중요하게 고려해야 할 점이 한 가지 있는데, 국가경제가 심각하게 어려운 상황이라는 점이다. 지방재정은 균형재정을 목표로 운영되고 있으며, 경기조절정책은 지방보다는 국가에서 담당하는 것이 바람직하다는 기본적인 원칙에 비춰 볼 때 경제위기와 지방재정제도 개편은 관계가 없는 것처럼 보이기도 한다. 그러나 경제위기 극복에 있어 재정이 가장 중요한 정책수단이 되고 있으며, 교육자치단체를 포함한 지방자치단체가 공공재정 총액의 60%를 지출하고 있다는 점을 고려한다면 지방재정의 규모와 재원의 사용 용도 및 지역간 재원배분에 영향을 주는 지방재정제도의 개편은 매우 신중하게 접근해야 할 문제라는 점을 인정할 수 있을 것이다. 이러한 점을 감안해 경제위기 상황에서 지방재정제도를 개편할 때 고려해야 할 중요한 원칙들을 정리하면 다음과 같다.

첫째, 국가는 위기 극복을 위해 공공재정을 확대하고 경제성장을 촉진하기 위해 그 재원을 사용해야 하는데, 그렇게 하기 위해서는 공공정책의 일관성이 필요하며, 특히 국가의 역할이 강조된다. 이러한 관점에서 분권화를 강화하는 개편은 바람직하지 않다. 분권화된 사회에서는 의도와는 상관없이 국가의 정책과 지방의 정책이 상반되는 효과를 가져오는 상황이 발생할 수 있으며, 이는 위기 극복의 관점에서 바람직하지 않다.

둘째, 어떠한 것이든 정책의 변화는 이행과정에서 사회적 혼란을 야기하기 마련이며, 그러한 혼란은 경제의 효율성을 저해해 위기 극복을 지연시킬 수 있다. 그러므로 위기 극복을 목적으로 하거나 위기 극복에 도움이 되는 것 외의 정책 변화는 가급적 자제하는 것이 바람직하다.

셋째, 위기 상황에서 바람직한 정책과 평상시에 바람직한 정책이 다를 수 있으며, 위기 극복 대책은 나중에 재정부담이 될 수 있으므로 위기 상황에서는 가능한 한 즉각적인 효과가 나타는 정책을 한시적으로 수행하는 것이 바람직하다. 위기 극복과정에서 지방을 지원할 필요가 있다면 장기적인 제도 개편을 통하는 것보다는 쉽게 환원할 수 있는 특별수단을 강구하는 것이 바람직하다.