세금은 아주 예외적인 경우를 제외하고는 불가피하게 경제주체의 의사결정을 왜곡시켜 경제의 효율성을 저해한다. 그러므로 국가 운영에 필요한 세수를 확보하면서 경제에 미치는 부정적인 영향을 최소화하는 조세정책을 모색하는 것이 정책당국의 중요한 임무이다.
적정 조세체계에 대한 이론 연구 중에서 핵심이 되는 것은 자본소득과세의 필요성에 대한 논란이라고 할 수 있을 것이다. 자본소득에 대한 과세의 역할은 투자에 대한 과세와 저축에 대한 과세로 구분되는데, 최적과세론의 관점에서 투자에 대한 과세는 기업의 경쟁력에 영향을 주어 기업의 이동을 유발하므로 바람직하지 않다. 저축에 대한 과세는 현재소비에 비해 미래소비에 대해 차별적으로 중과세하는 것을 의미하는데, 현재소비와 미래소비를 차별할 이론적 근거가 없다는 것이 전통적인 신고전학파 성장모형의 결론이다.
그러나 가정을 조금만 현실화하면 현재소비와 미래소비를 차별해야 할 이론적 근거가 나타난다. OLG 모형(Overlapping Generations Model)에서의 미래소비(노년기의 소비)는 여가와 보완성이 강하다. 그러므로 최적과세론 관점에서 여가와 보완성이 강한 미래소비에 대해 중과세하는 것이 바람직하다. 또한 미래소득이 불확실한 경우에는 예비적 목적의 저축이 과도하게 많아지는 경향이 있는데, 이때 저축에 대한 과세를 통해 소비 증대를 유도할 필요가 있다. 그런데 저축과세의 필요성을 주장하는 연구들도 자본소득과세의 역할이 노동소득세를 보정하는 보조적인 수단임을 강조한다는 점을 인식할 필요가 있다. OLG 모형의 경우 자본소득세의 적정 세부담은 노동소득세 부담의 1/3 정도인 것으로 나타나고 있다.
효율적 조세체계에 대한 실증적 연구는 특정 세목의 세수입을 한단위 증가시킬 때 경제가 부담해야 할 초과부담(excess burden)이 얼마나 되는지를 추정하는데 초점을 맞추는데, 이 추정치를 조세의 한계효율비용(marginal excess burden: MEC)이라고 한다. 추정결과를 보면 대체로 자본과세의 효율비용이 가장 크고, 그 다음이 노동과세, 소비과세의 순으로 나타나고 있다. 한국조세연구원에서 우리나라에 대해 추정한 바에 의하면, 2004년 기준으로 자본소득과세의 한계효율비용은 0.298이고, 노동소득과세 0.212, 일반소비과세 0.155의 순으로 나타났다.
20세기 전반에 걸쳐 선진국을 지배한 중요한 조세정책 철학 중의 하나는 헤이그-사이먼스의 종합소득 개념에 입각해 소득원을 구분하지 않고 모든 소득에 대해 고도의 누진세율로 과세해 조세의 소득재분배 기능을 활성화하는 것이 바람직하다는 것이었다. 그러나 20세기말에 접어들면서 자본 유치를 위한 국제경쟁, 저성장시대의 진입에 따른 저축의 촉진 및 잠재성장률 제고의 필요성이 강조되고 고소득층 및 국제투자자의 조세회피에 대한 인식이 확산되면서 자본소득과세의 비효율성에 대한 논의가 시작됐다. 그러한 논의가 정책에 반영돼 최근 20여년간 대부분의 선진국들이 '넓은 세원-낮은 세율'을 목표로 점진적인 변화를 추진했으며, 법인세 등 자본소득과세의 비중은 낮아지고 소비과세의 비중이 증가하는 경향이 나타나고 있다.
우리나라의 조세구조는 다른 선진국에 비해 상당히 효율적이라고 할 수 있다. 선진국들이 법인세율 및 소득세율 인하를 통해 소비과세의 비중을 높여온 반면， 우리나라에서는 소비과세의 비중이 낮아지는 추세를 보였음에도 불구하고 아직 선진국들에 비해 높은 편이다. 또한 부가가치세와 법인세는 명목세율이 낮은 편이나 세원은 비교적 넓은 것으로 평가되고 있다.
이러한 긍정적 평가에도 불구하고 우리나라는 성장잠재력 확충을 위해 법인세 부담을 완화하고 소비과세의 비중을 더욱 높이는 방향으로 조세체계를 개편할 필요가 있다. 한계효율비용을 추정한 결과를 보면 아직도 자본소득세의 한계효율비용에 비해 큰 것으로 나타나고 있다. 또한 법인세 실효세부담은 상당히 높은 것으로 나타나고 있다. 자본유치를 위한 국제경쟁이 심화되는 상황에서 전반적으로 법인세 부담이 높다는 것은 효율성의 관점에서 바람직하지 않다. 명목세율 또한 주요 선진국에 비해서는 낮은 편이지만 자본유치에 있어 주로 경쟁의 대상이 되는 동남아 다른 국가들에 비해서는 높은 편이다.
