특히 실수요 목적으로 토지를 취득하고자 하는 실수요자에게 세부담 증가액이 전가되는 경우 각종 원가 상승요인이 되어 국민경제의 건전한 발전을 저해하게 될 것이며, 이와 같은 예상은 이미 공한지세의 부과와 토지초과이득세법의 시행시 겪었던 실질적인 경험을 통해 충분히 입증되고 있다.

다만, 토지의 가수요를 억제하여 지가의 안정에는 어느 정도 기여를 하고 있다고 할 수 있다. 그러나 이 부분도 고율의 세율을 부과할 때 발생하는 동결효과를 고려하면 장기적으로는 지가 안정에 크게 기여하지 못할 것으로 판단된다.

비교해 보건대 새 입법을 통하여 실현하려는 공익적 목적이 토지의 소유자가 침해받는 이익의 보호가치나 침해의 중한 정도, 신뢰가 손상된 정도 및 신뢰의 침해의 방법 등을 종합적으로 고려해 볼 때 높지 않다고 할 수 있다.

따라서 비사업용토지에 관한 규정이 소급입법금지의 위배는 없다고 하더라도 신뢰보호원칙의 위배 여부는 논란의 소지가 많다고 판단되므로 법 시행일 이전에 취득한 토지에 대해서는 중과세 적용대상에서 제외하고 법 취득일 이후에 취득한 토지에 한정하여 적용함이 타당하다 할 것이다.  

2. 고율의 단일세율의 적용에 대한 문제

비사업용토지에 대한 적용세율은 60%의 단일비례세율을 적용하도록 규정하고 있다. 세율체계를 단일비례세율로 할 것인지 누진세율로 할 것인지 또는 세율을 어느 정도로 할 것인지에 대해서는 원칙적으로 당해 조세의 과세목적에 따라 입법정책적으로 판단할 사항이다.

다만, 적정한 과세를 위해서는 실질소득을 계측할 수 있는 시스템이 구축되어 있어야 하고, 원본 침해의 우려가 없어야 함은 물론 사업용토지와 비사업용토지간의 과세형평성도 고려하여야 할 것이다. 또한, 고율의 세율로 중과세함으로써 입법 목적을 달성하는 데 용이하여야 하며, 조세부담의 수직적 공평성도 확보되어야 한다.

비사업용토지에 대한 고율의 세율체계는 향후 실수요 목적이 아닌 가수요 목적의 토지 취득을 봉쇄하는 데에는 성공을 거두었다고 할 수 있다.

그러나 실질소득을 파악하는 시스템이 구축되어 있지 아니한 상태에서 양도소득세 과세체계를 실지거래가액 과세체계로 전환하면서 취득시기가 오래된 부동산에 대한 취득가액을 추정한 금액으로 계산하여 양도차익을 산정하는 모순을 안고 있는 현실에서 고율의 세율체계는 공익의 목적에 비추어 납세자가 침해받는 이익이 커질 수 있는 문제점이 있는 것이다.

이와 같이 사업용토지와 비사업용토지에 대한 형평성이 심각함에도 불구하고 입법의 편의를 위해 지방세법상 재산세 관련 규정을 근간으로 해당규정을 입법하였다는 것은 과세목적이 상이한 세목을 동일시한 모순을 안고 있다.

즉, 재산세의 과세목적은 보유세의 일종으로 저율로 과세를 하고 있어서 설혹 과세체계가 잘못되거나 모순이 있더라도 세부담의 차이는 심각할 정도는 아니다. 예를 들어 별도합산대상 토지를 종합합산대상 토지로 잘못 판단하거나 과세요건을 불합리하게 규정하고 있더라도 부담세액에서 큰 차이를 보이지 않고 있다. 따라서 지방세법이 시행된 이후에 모순된 과세요건들에 대해 조세마찰이 많지 아니하였으므로 축적된 유권해석이나 판례들도 많지 않다.

그러나 비사업용토지의 규정을 적용함에 있어서 세부담 차이는 수배에서 수십배 차이가 날 뿐 아니라, 부담세액의 절대적 금액에서도 지방세와는 비교할 수 없을 정도로 차이가 크다.

결국 과세목적과 과세체계에 차이가 있음에도 불구하고 지방세법의 재산세 과세체계를 준용하여 입법한 것은 비사업용토지의 범위에 대한 합리성이 결여된 무리한 입법이 되었을 가능성을 충분히 내포하고 있는 것이다.