우리나라의 부동산 거래세와 보유세 부담은 7 : 3으로 거래세 부담이 높다. 그래서 부동산 거래시 세부담을 줄이기 위해 이중계약서를 작성하는 것이 비일비재하였고, 반면 보유세 부담은 적어 시중의 자금이 부동산에 몰림으로써 부동산 투기 등 여러 가지 사회적 문제점을 야기시키고 있다.
지역간의 세수의 불균형으로 인해 지자체간 재정여건이 달라, 부유한 자치단체는 지역개발에 많은 예산을 투여함으로써 그 지역의 부동산가치가 상승하고, 이에 따라 더 많은 지방세를 징수할 수 있게 되면서, 또 다시 많은 예산을 투입하는 등 지방자치단체간에도 부익부빈익빈 현상이 심화되었다.


(그림 1) 거래세 부담 감소내역

또한 기존의 재산세에서는 같은 서울에 소재하면서도 강남구 대치동의 31평형 아파트는 시세가 6억원이나 재산세가 7만4천원인데 비해 성북구 동소문동의 55평형 아파트는 시세가 4억5천만원임에도 재산세는 46만원으로 무려 6배나 차이가 난다.
종전의 보유세 체계에서는 이와 같은 불합리한 측면이 있어 올해부터 세금부과기준을 바꾸어 시가에 상응하는 세부담이 이루어지도록 보유세제를 개편하고 아울러 등록세 세율을 낮추게 된 것이다.(그림 1 참조)



종합부동산세는 보유세제 개편의 핵심
보유세(재산세와 종합토지세)는 크게 3가지 측면에서 개편되었다.
첫 번째는 종합토지세와 재산세가 합해져 재산세로 세목이 통합된 것이다.
두 번째는 기존의 재산세 과세표준 산정방법이 바뀌었다. 종전에는 주택의 경우 면적·구조·용도·위치·경과년수 등 각종 지수를 반영하여 시세보다 다소 낮은 건물과세시가표준액으로 계산하던 것을 공시가격(국세청기준시가와 건교부 공시가격)의 50%를 적용하여 과세표준을 계산한다. 또한 예전에 토지는 지방자치단체간 서로 다른 과표현실화율을 개별공시지가에 적용하여 계산하던 것을 일률적으로 50%를 적용하여 과세표준을 계산하게 되었다.
세 번째는 과세표준이 시가를 반영하게 된데 맞추어 재산세 세율을 전반적 낮추고, 기존의 높은 세율(누진세율)이 적용되던 고가부동산에 대하여는 국세인 종합부동산세로 과세하는 것이다.(그림2 참조)


  종합부동산세 1%∼3%  (3단계 누진세율)
재산세 0.15%∼0.5%(3단계 누진세율)
(그림 2) 종합부동산세 과세체계

토지의 경우도 이와 같은 구조로 1차적으로 재산세를 3단계 세율(0.2%∼0.5%)로 과세하고, 2차 종합부동산세는 일정기준금액(종합합산토지는 6억, 별도합산토지는 40억)이상에 대해 3단계 세율(0.6%∼4%)로 과세한다.

종합부동산세의 구조를 보면, 우선 각 지방자치단체에서 낮은 세율로 재산세를 과세하고, 기존 재산세에서 높은 세율이 적용되던 부동산 고액 보유자에 대하여 신설된 종합부동산세가 국세로 과세되는 것으로 결과적으로는 지방자치단체가 징수하던 일정 부분을 국가가 직접 징수하는 것으로 볼 수 있다.

부동산 가격안정과 서민 주거 안정을 유도
이는 부동산 가격에 상응하여 고가 부동산 또는 고액의 부동산 보유자에 대하여 종합부동산세를 부담시킴으로써 부동산 과다보유를 억제하여 부동산 가격안정을 도모하기 위한 것이다.

한편 일정요건을 충족하는 장기임대주택이나 종업원 기숙사, 건설업체의 미분양 주택 등은 종합부동산세 과세대상에서 제외함으로써 서민 주거 안정에도 기여하게 된다.

또한 국세로 징수한 종합부동산세 모두를 재정이 취약한 지방자치단체 등에 우선 배분함으로써 지자체간 재정 상태의 불균형을 완화하고자 하는 것이다.