조세심판원, 양도주식 취득가액 산정 다툼에 세법상 혜택받는 특례주식부터

 

동일한 회사가 발행한 특례주식과 일반주식을 보유하다가 주식 일부를 양도했다면, 특례주식을 먼저 양도한 것으로 봐야 한다는 심판결정이 내려졌다.

 

조세심판원은 특례주식과 일반주식간의 우선 양도 여부에 대한 다툼에서 동일인이 이 두 주식을 모두 보유하다가 양도한 경우 특례주식을 우선 양도한 것으로 봐야 한다는 요지의 심판결정문을 공개했다.

 

조세심판원에 따르면, A씨는 2017년 1월 주식매수선택권을 행사해 B사 주식 4만7천주(액면분할 및 무상증자후)를 취득했다.

 

A씨는 그해 12월 C사 주식을 포괄적 주식교환에 의해 B사에 양도하고 그 대가로 B사 주식 2만4천500주(액면분할 및 무상증자후)를 취득했다. 조세특례제한법 제38조에 따라 주식의 처분시까지 주식양도 차익에 해당하는 양도소득세의 과세이연을 적용받은 A씨는 2017년 취득한 B사 주식 7만1천500주를 D증권 계좌에 위탁·관리하고 있었다.

 

또한 A씨는 B사에 대한 주식매수선택권을 행사해 2020년 11월 4만주를, 12월엔 8만5천주를 취득한 후 E증권 계좌에 위탁·관리하고 있었다.

 

이후 A씨는 B사가 코스닥시장에 상장된 2020년 9월 이후 보유주식 19만6천500주 가운데 18만7천832주를 2020년과 2021년에 순차적으로 장내거래를 통해 양도했다.

 

A씨는 과세이연 특례가 적용되는 2017년 12월 취득한 2만4천500주가 2020년에 먼저 양도됐고, 양도주식의 취득시기가 불분명한 경우에 해당되기에 선입선출법에 따라 양도주식의 취득원가를 산정해 2021년 귀속 양도소득세(2020년 양도분은 비과세)를 신고했다.

 

반면 과세관청은 주식별 위탁계좌 및 양도시기에 의해 연도별 양도주식 및 그 취득원가가 개별적으로 확인되며, 쟁점특례주식은 2021년에 양도된 것이기에 A씨에게 양도소득세 및 가산세 등을 경정·고지했다.

 

이와 관련, 조특법 시행령 제35조의2 제4항에서는 ‘거주자 등이 제3항에 따라 취득한 완전모회사등 주식의 전부 또는 일부를 양도하는 때에는 다음 계산식에 따른 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다’고 규정하고 있다.

 

또한 ‘이 경우 주식의 포괄적 교환 등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사 등 주식이 있으면 주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다’고 적시하고 있다.

 

조세심판원은 관련법령 및 사실관계 심리를 통해 “동일한 회사가 발행한 특례주식과 그 밖의 주식을 함께 보유하다가 그 회사의 주식을 양도하면 특례주식을 먼저 양도한 것으로 해석하는 것이 법령 취지에 부합하다”며 “이와 달리 다른 방법으로 취득한 주식을 처분했음에도 단지 특례주식을 보유하고 있다는 이유만으로 과세이연의 혜택을 계속 누리게 하는 점은 불합리하다”고 해석했다.

 

이어 “소득세법 시행령 제162조 제5항은 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 않은 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다(선입선출법)고 규정하고 있다”고 예시했다.

 

조세심판원은 이에 따라 “2020년에 다른 방법으로 취득한 주식이 E증권에서 양도됐음에도 D증권에 위탁된 쟁점특례주식이 먼저 양도된 것으로 봐야 한다”며 “A씨의 주장처럼 선입선출법에 따라 취득시기를 구별하는 것이 타당하다”고 과세관청의 원처분을 취소토록 심판결정했다.