내년부터 법인세 납부시 톤세를 선택한 해운기업의 톤세 적격여부에 대한 확인절차가 크게 간소화된다.

국토해양부는 21일 그동안 정부와 해운관련 업계 및 단체가 참여한 작업반회의의 논의결과를 토대로 톤세관련 사무처리요령 및 전산시스템의 개선계획을 수립하고, 그동안 기업에 불편을 주었던 톤세 적격 확인서 발급절차를 대폭 손질하여 기업의 편의를 도모할 계획임을 밝혔다.

톤세란 외항해운기업이 해상운송과 관련해 벌어들인 소득에 대해 운항하는 선박의 규모와 운항일수를 기준으로 별도 산정한 과세표준에 법인세를 부과하는 제도로, 톤세를 적용받기 위해서는 법인세 신고 전 톤세 적격여부에 대한 국토해양부장관의 확인을 받아야 한다.

현행 톤세제 적격요건은 2년 미만으로 용선한 외국선사 소유선박의 연간운항순톤수가 기준선박(자사선, 2년이상 외국적 용선)의 연간운항순톤수보다 5배 이하가 돼야 한다.
 
2005년 톤세제도를 도입한 이후 매년 약 60%의 해운기업이 동 제도를 통하여 법인세 신고 및 납부해 왔고  매년 증가돼 왔다(2005년 50개, 2006년 66개, 2007년 86개).

국토부는 "그러나, 선박제원신고, 운항선박신고, 적격확인신청 등 적격여부 확인절차가 복잡해 최종 확인서 발급까지 2달여의 시간이 걸리고, 선박제원 및 운항선박 신고시 개별선박 별로 각각 신고서를 작성하도록 돼 있어 기업 당 적게는 수십, 많게는 수천 건의 신고서를 작성해야 했다"며 "매년 신고서와 제출되는 입증서류(국적증서, 검사증서, 각종 계약서 등)가 서류박스(A4)가 5백개 분량으로 보관과 관리에도 불편함이 있었다"고 밝혔다.

이번에 수립한 개선계획이 완료되면 종전의 3단계의 확인 절차가 1단계로 간소화되고, 선박제원 및 운항선박 신고서의 작성과 처리과정이 생략되며, 첨부서류의 전자파일형태 제출을 허용하고, 행정정보로 기 수집된 자료에 대한 제출의무도 완화된다. 아울러, 관련 전산시스템을 통해 톤세 적격여부와 개별선박의 톤세 내역을 수시로 확인 할 수 있게 된다.

국토해양부는 이번 개선과정을 통해 톤세 적격확인에 소요되는 기간이 1/2로 단축되고, 기업이 작성하여야 할 신고서가 매년 14천건에서 100건(기업당 1건)으로 줄어들며, 첨부서류 또한 간소화되는 등 기업의 불편도 크게 줄어들 것으로 예상하고 있다.

이번 조치는 금년 11월까지 관련 규정 및 시스템을 개선하고, 12월 관련 기업대상 설명회를 거쳐 내년 1월부터 시행될 예정이다.