2011년 세법개정안에 대한 국회 기획재정위원회의 심사작업이 진행 중인 가운데, 내년 개인사업자의 전자세금계산서 의무발급을 앞두고 세액공제 혜택이 연장될 지에 관심이 쏠리고 있다.

기획재정부는 지난 9월 전자세금계산서 발급에 대한 세액공제 일몰을 올해 12월31일에서 2013년 12월31일까지로 2년 연장하는 개정안을 내놨다.

전자세금계산서 발급 세액공제제도는 전자세금계산서를 발급하는 사업자에게 발급 건당 200원(연간 100만원 한도)을 부가세 납부세액에서 공제하는 것이다.

기획재정부는 내년 일부 개인사업자의 전자세금계산서 의무 발급을 앞둔 상황에서 제도의 조기정착을 지원하기 위해 일몰 연장을 추진하는 것이라고 밝히고 있다.

조세계 안팎에서는 세액공제 연장을 당연한 것으로 받아들이고 있는 분위기다.

인터넷에 취약한 개인사업자의 부담을 고려해 의무발급 대상자를 줄일 수밖에 없는 등 의무발급 확대실시가 매우 어려운 여건 임을 감안할 때 앞으로 지속적으로 인센티브를 부여해야 한다는 것이다.

그렇지만 세액공제 일몰을 연장하되 법인사업자는 세액공제 대상에서 제외하고 매입자에 대해서도 세액공제 혜택을 부여하는 등 보완책이 필요하다는 제안도 나오고 있다.

기재위 전문위원실은 최근 세법안 검토보고를 통해 의무적으로 전자세금계산서를 발급해야 하는 법인사업자는 이미 원활하게 전자세금계산서를 발급하고 있으므로 세액공제 대상에서 제외할 필요가 있다고 제안했다.

2011년 상반기 부가가치세 신고 결과 법인사업자의 전자세금계산서 발급비율은 99.97%에 달할 정도로 정착단계에 이르렀다는 것.

또 자발적으로 전자세금계산서 발급에 협조하고 있는 개인사업자와 의무적으로 발급해야 하는 법인사업자에게 동일한 세액공제 혜택을 주는 것은 형평성에 어긋난다고 지적했다.

이와 함께 전자세금계산서를 발급하는 매출자와 동일하게 납세협력비용을 부담하는 매입자에 대해서도 세액공제 혜택을 줘야 한다고 밝혔다.

매입자는 매출자의 전자세금계산서를 받기 위해 사업용 컴퓨터를 구입하고 시스템에 가입하고 공인인증서를 발급받아야 하는 등 납세협력비용을 부담해야 하기 때문에 세액공제 혜택이 필요하다는 것.

기재위 조세소위는 8일 부가세법 개정안에 대한 심사를 벌인다.