국세청의 세무조사 운용방식과 형태가 대폭 개선돼 기업 등 법인납세자는 종전보다 훨씬 호전된 여건 하에서 조사를 받는데 비해, 개인납세자는 이같은 국세청의 근본취지가 제대로 전달되지 못한 것으로 나타나는가 하면, 이를 악용하는 사례마저 속출하고 있어 문제점으로 지적되고 있다.

더욱이 개인납세자와 고소득 자영업자, 개인유사법인, 상속·증여세 조사대상자, 특히 국세청이 새롭게 세무조사의 메스를 들이대는 금융권 등은 여전히 세무조사의 사각지대에 놓여 있어 이에 대한 대책마련이 시급한 실정이다.

국세청이 개선한 세무조사 운용방식의 핵심은 우선▶세무조사 건수의 대폭적인 축소가 있지만, ▶자의적이고 통상적인 세무조사의 연장금지 ▶컨설팅 조사 ▶세금 주치의 조사 등으로 대별된다.

탄탄한 조직과 재정력을 갖춘 일정 규모의 법인(중견그룹 이상)은 국세청의 이같은 세무조사 운용방식의 변화에 적잖은 호감을 표시하면서 제도권 내의 혜택과 절세전략 마련에 노심초사 하고 있다.

그러나 고소득 자영업자, 개인유사법인, 금융권, 금지금업자, 일부 언론기업, 일부 고소득전문직사업자 등은 세법과 세무행정의 사각지대를 교묘히 이용, 탈세를 조장하거나 이를 부추기는 반사회적 행위를 일삼고 있다는 지적이 높다.

따라서 국세청은 이같은 사각지대에 세무조사의 역량을 집중해야 할 것으로 보인다.