이달 양도세확정신고('99귀속)분부터 지분 5%이상을 가진 대주주의 양도세확정신고의무가 신설됐다.
이에 따라 이들 대주주 및 친족 기타 특수관계인이 작년 한해 동안 타인에게 양도한 주식총액이 당해 법인 발행주식총액의 1%이상인 경우에는 이달말까지 양도세확정신고를 해야 하며 불성실하게 신고할 경우 국세청으로부터 강도높은 세무조사를 받게 된다.

또 3억원이상의 고액 부동산·건물(서울지역은 5억원이상) 등의 자산을 양도한 사람과 양도세합산과세대상인 2회이상 자산 양도자 그리고 양도세 허위실사신고혐의자, 양도세 감면신고자 등도 국세청의 중점관리를 받게 된다.

국세청은 이들 양도세 중점관리대상자를 국세통합전산망으로 출력하여 성실신고를 적극 안내하고 이 중 자산을 2회이상 양도한 납세자에 대해서는 합산과세를 검증키로 했다.
또 감면신청자에 대해서는 감면요건을 면밀히 확인하는 한편 허위실사신고혐의자에 대해서는 실지거래가액을 조작하여 신고하였는지 여부를 철저히 확인조사할 방침이다.

국세청은 지난 9일 이같은 내용을 골자로 하는 '99귀속 양도세확정신고 관리방향을 확정하여 일선에 시달했다.

양도세 납부의무가 있는 대주주는 상장·비상장주식에 관계없이 친족, 특수관계인 등이 보유한 주식총액이 당해 법인 발행주식의 5%가 넘고 작년 한해 동안 타인에게 양도한 주식이 당해 법인 발행주식총액의 1%가 넘는 경우에 해당된다.

따라서 대주주라도 작년 양도분이 1%미만인 경우와 대주주가 아닌 사람이 주식을 양도한 경우에는 제외(비과세)된다.

여기서 친족 및 기타 특수관계자라 함은 국세기본법시행령 제20조에서 열거하는 사람으로 ▲6촌이내의 부계혈족과 4촌이내의 부계혈족의 처 ▲3촌이내의 부계혈족의 남편 및 자녀 ▲3촌이내의 모계혈족과  그 배우자 및 자녀 ▲처의 2촌이내의 부계혈족 및 그 배우자 ▲배우자(사실혼 관계에 있는 사람 포함) 등을 말한다.
〈관련규정 참조〉

한편 비상장주식 양도의 경우에는 대주주·소액주주에 관계없이 양도세 납부의무가 있으며 작년에 1회만 양도하고 예정신고를 한 경우에는 확정신고 의무가 없다.
그러나 작년에 2회이상 양도하여 합산과세대상인 경우에는 이번에 확정신고를 해야 된다.