(1) 전산조직의 개발과 운영에 관한 문서보존
-시스템의 기본구조와 프로그램 원본 및 Flow-charts 보존
-보존하고 있는 파일목록 및 구조, 계정과목 명세서, 시스템 통제사항 등을 보존
(2) 자료의 전산처리과정에 대한 기록보존
-전자기록에 수정·추가·삭제 등을 행한 경우에는 그 사실과 내용을 확인할 수 있도록 자료의 전산처리과정에 대한 기록을 빠짐없이 보존하여 정보의 정확성 및 신뢰성 확보
-자료처리 시스템 변경시 그 변경사항과 변경전후의 전자기록을 변경일자 순으로 기록
-재화나 용역을 EDI·인터넷 등에 의한 전자거래시 주요계약서 등의 증빙서류와 함께 거래품목·수량·단가 등의 거래내역에 관한 구체적인 정보를 담은 전자기록을 보존
(3) 전자기록의 보존요령
-전자기록은 화면표시기(Monitor) 등으로 읽어볼 수 있고 출력할 수 있어야 하며 과세표준과 세액을 정확히 산정할 수 있도록 장부 및 증빙과 대사할 수 있고, 조건을 설정하여 검색이 가능한 형태로 보존
-납세자가 세무목적용으로 보존하는 전자기록은 사업연도별로 전산매체에 복사(Back-up)하여 안전한 장소에 비치하고, 보존상태를 정기적으로 점검하여야 한다.
·보존용 전산매체에 자료의 종류, 사업연도, 보존기한, 담당자, 경고사항 등을 명시한 표지를 부착
-보존중인 전자기록이 일부라도 분실·파손된 경우 관할세무서에 즉시 신고하고 지체없이 해당 파일을 복구하거나 재작성
·복구·재작성 불능시 납세자에게 입증책임
(4) 전자기록의 보존기간
-당해 국세의 법정신고기한 경과후 5년이상 보존함을 원칙으로 하되 상법 §33(상업장부의 보존) 및 국세기본법 §26의2(부과제척기간)의 규정을 참작하여 중요서류는 10년이상 보존
(5) 세무조사시 전자기록의 제출 등 납세자 협력
-세무관서장이 세무조사·기장확인 등의 목적으로 전자기록제출을 요구하는 경우 관련 전자기록과 화면표시기·프린터·운영요원을 제공
·이때 모든 파일은 텍스트파일로 변환 가능해야 한다.
-법인세·소득세신고시 `전산조직운용명세서' 제출
-데이터베이스관리시스템(DBMS), 외부개발소프트웨어 및 정보처리 전문업체에 의해 처리된 전자기록도 이 고시규정에 적합해야 한다.
·따라서 세무서장의 요구가 있는 경우 납세자(또는 소프트웨어개발업체)는 그 S/W 등에 대한 적합성을 입증할 책임이 있다.
(6) 세무관서장 확인점검 등
-세무관서장은 전자기록에 대한 신빙성·완전성·가시성 등을 확보하기 위해 정기 또는 수시로 점검을 실시할 수 있고 납세자의 업종특성 등을 감안하여 이 고시의 일부 규정을 완화하기 위해 국세청장이 지정하는 회계시스템 및 자료처리상태에 대한 진단을 실시할 수 있다.
(7) 전자기록이 아닌 일반문서의 보존
-다른 법령에 의하여 보존의무가 있거나 기업활동과정에서 생성되는 계약서·세금계산서 등의 일반문서는 해당 법령의 규정 등에 따라 보존
(8) 중소규모기업 및 개인사업자에 대한 적용특례
-개인사업자와 상대적으로 규모가 작은 중소법인의 경우 대규모기업에 비해 정교한 전산시스템 개발 및 운영에 현실적인 애로가 있다고 판단되어 이 고시의 일부 규정 적용을 완화하도록 특례규정을 둔다.
·그러나 전자기록의 진실성 및 전산조사 등에 필수적인 기본항목은 꼭 갖추도록 한다.
(9) 시행일 및 적용례
-시행일:고시일('99.5.8)부터 시행
-적용례
·이 고시시행일이 속하는 사업연도분부터부터 적용
·다만, 이 고시 시행일 전부터 컴퓨터를 이용하여 장부와 증빙서류를 작성해 온 납세자로서 이 고시 시행일 현재 사업연도가 진행중일 경우, 당해 사업연도 종료일까지는 이 고시의 중요내용에 위배되지 아니하는 범위내에서 당해 납세자가 종전부터 계속 운영해온 시스템에 의하여 처리할 수 있다.