중앙부처의 조직개편에 따라 국세청 조직도 큰 변화가 따른다. 우선 국제조세국이 지난 '86년 신설된지 13년만에 폐지된다. 이에따라 현재의 국제조세국의 국제조세과는 신설되는 법인납세국으로 편입된다.
또 징세심사국이 납세지원국과 법무심사국으로 개편된다. 납세지원국은 징세과 민원제도과 납세자보호과 납세홍보과로 구성된다. 법무심사국은 현재의 법무담당관실과 심사과로 편성된다.
이 중 징세과는 지금의 업무와 동일한 세수를 관장하게되고, 민원제도과는 신고서식 및 신고절차 간소화, 사이버세무서의 운용개선, 납세서비스 관련 제도개선 업무를 담당하게 된다.
납세자보호과는 부당세금부과 납세자고충처리 민원 진정 등 각 과에 산재해있던 이같은 업무를 맡게된다.
납세홍보과는 공보관실이 對언론담당창구라면 지금의 납세지도과가 하고있는 對납세자 홍보업무를 담당하게 된다.
직세·간세·재산세국이 법인납세국과 개인납세국으로 개편되며 법인납세국은 국제조세과와 함께 법인·소비세과로 운영된다. 개인납세국은 부가·소득·재산세과로 구성된다.
서울청에는 조사3국(2~3급)을 신설하고 중부·경인·부산청에서 조사국이 1개씩 증설된다.
통합세무서는 서울청의 남산·중부, 을지로·남대문, 동작·대방세무서가, 중부청의 동대문과 청량리, 부산청의 영도와 서부산세무서가 각각 통합될 것으로 알려졌다.