최근 세무조사문제는 납세자들의 탈세와 과세당국의 오·남용의 상호충돌에서 비롯된 것이다. 불거져 나온 세무조사 법제화에 앞서 법과 현실 사이의 괴리를 극복하는 것이 중요하다. 특히 다수의 거액 탈세가 있는 경우에는 중점적인 단속을 펼칠 것과 일정기간 예고후 세무조사하는 것이 바람직하다고 본다. 이는 적발, 추징 이외에 예방의 중요성도 있기 때문이다.

미국의 경우 현재 TCMP(납세자성실도측정제도), DIF(조사대상자선별제도), IRP(특정업종일괄조사)를 활용하고 있지만 특정계층의 경우 항상 조사대상에서 제외되는 사각지대가 존재하고 임의적, 우발적 조사비율을 20%로 맞춰 실제 반영하고 있다.

세무조사대상 선정기준 공개문제는 납세자 보호차원에서 개별적, 구체적인 공개보다는 판별계수를 공개해야 한다. 최근 세무조사의 빈도가 증가 추세를 보이고 있는 것을 보면 사전납세선도가 아니라 사후징수에 주력하는 인상을 받고 있다. 예방과 적발은 상호보완적이어야 한다. 우리 나라와 같이 성실납세가 아직 제대로 정착되지 못하고 탈세가 보편화된 사회일 경우 조사행정측면에서의 단속대상은 무한대일 수밖에 없다.

세무조사후 해당 납세자에게 아무런 문제가 없다면 조사에 따른 불이익 비용 등에 대한 보상체계를 당연히 마련해 과세당국에서 책임져야 할 것이다. 범칙조사의 경우는 공개하되 일반 세무조사 공개는 유보적 입장이다.