과세관청의 증액경정처분 이후 90일이 지났더라도, 최초 신고세액 범위 내라면 5년 이내 경정청구가 가능하다는 감사원 심사청구 결정례가 26일 공개됐다.

감사원은 이날 국민생활과 밀접하게 관련되고 시의성 있는 조세분야 5건 등 2025년 조세분야 주요 결정례를 선정·배포했다.

결정례(2023-심사-174)에 따르면, A법인은 2020년 과세당국의 세무조사 결과 2017~2019년 계열법인이 부담한 광고비가 부당하다는 이유로 법인세 증액 경정처분을 받았다.

이후 A법인은 “세액 경정 후 90일이 지났더라도 법정신고기한으로부터 5년이 지나지 않았으므로, 경정청구할 수 있다”며 쟁점 광고비를 손금으로 인정해 법인세를 돌려 달라며 경정청구를 냈으나, 처분청은 세무조사 결과를 통지받고 증액경정처분이 있음을 안 날로부터 90일이 경과했다는 이유로 이를 각하했다.

구 국세기본법 제45조의2 제1항은 법정신고기한 내에 신고의무를 이행한 경우 5년 이내 경정청구를 할 수 있고, 결정·경정으로 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내 경정청구할 수 있다고 규정하고 있다.

A법인은 구 국세기본법의 단서 조항은 경정 ‘사유’가 아니라 경정으로 인해 증가된 ‘세액’에 대한 경정청구기한을 제한하는 것인 만큼, 거부처분은 부당하다고 감사원의 문을 두드렸다. 또한 연결납세제도의 취지에 따라 연결자회사가 부담한 광고비 역시 손금에 해당하는 만큼, 부과처분은 취소돼야 한다고 주장했다.

경정청구 가능 여부에 대해 청구인과 과세관청이 극명하게 엇갈린 입장을 보인 가운데, 감사원은 납세자의 손을 들어줬다. 대법원은 ‘과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세자가 그 후 과세관청의 결정이나 경정으로 인한 처분에 대해 불복기간(90일) 내에 다투지 아니하였더라도 5년의 경정청구기간 내에서는 경정청구권을 행사하는 데에는 아무런 영향이 없다’고 판시한 바 있다.(2024. 6. 27. 선고 2021두39997 판결)

감사원은 청구인이 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출했고, 각 연결사업연도 법인세 신고기한으로부터 5년 이내에 경정청구를 제기한 사실을 되짚고 “납세자가 법정신고기한내에 신고의무를 이행한 경우 과세관청의 세액 경정처분에 대해 90일이 경과해도 최초 신고세액 범위 내에서는 5년 이내 경정청구가 가능하다”고 밝혔다.

아울러 이 사건 계열법인이 분담한 광고비는 업무 관련성이 인정되므로 손금으로 인정 가능하다고 판단했다.