국세청이 농업법인 등 취약분야 업종에 대한 고강도 법인세 사후검증대상에 나서고 있는 가운데, 401개 농업법인이 3년간 44억원의 법인세를 부적정하게 감면받았는 데도 막상 세무서에서는 이를 제대로 확인하지 못하는 등 엇박자를 내고 있는 것으로 나타났다.

감사원은 지난 24일 공개한 경기지역 농업법인 운영 및 관리실태를 통해 2017사업연도부터 2019사업연도까지 3년 동안 농업경영체 등록을 하지 않은 401개 농업법인이 44억1천195만7천884원의 법인세를 과소 신고·납부했는데도 25개 세무서가 해당 신고금액을 그대로 인정하고 있었다고 지적했다.

감사원은 주사무소가 경기도에 있는 농업법인 중 2017사업연도부터 2019사업연도까지 3년 동안 감면조항에 근거해 법인세를 감면받은 농업법인 829개(1천677건)를 대상으로 법인세를 적정하게 감면받았는지 점검했다. 특히 감면대상 사업연도 종료일 기준 농업경영체 등록 여부를 집중적으로 살폈다.

조세특례제한법에 따르면 영농조합법인 및 농업회사법인은 식량작물재배업소득 전액에 대해 2021년12월31일 이전에 끝나는 과세연도까지 법인세를 감면하고 있다. 다만 법인세를 감면받기 위해서는 감면대상 사업연도 종료일까지 농업경영체 등록을 해야 한다.

따라서 납세지 관할 세무서는 농업법인의 소득에 대해 법인세를 감면하기 위해서는 농업법인의 법인세 신고 내역 및 농업경영체 등록확인서 제출 여부 등을 반드시 확인해야 한다. 감면대상 사업연도 종료일 전까지 농업경영체 등록을 하지 않은 것으로 확인되면 과소 신고된 법인세를 경정해야 한다.

그런데 동화성세무서 등 경기도 관할 23개 세무서 및 정읍·홍성세무서를 포함한 25개 세무서는 농업경영체 등록을 하지 않은 401개 농업법인이 과소 신고·납부한 법인세 신고금액을 그대로 인정하고 있었다. 감사원 감사 결과 이들 기업은 2017사업연도부터 2019사업연도까지 3년 동안 법인세 44억1천195만7884원을 부적정하게 감면받은 것으로 드러났다.

감사원은 국세청장에 관할 세무서장으로 하여금 401개 농업법인으로부터 과소 신고·납부된 법인세 금액을 경정하도록 하고 농업경영체 등록을 하지 않은 농업법인이 법인세를 부당 감면받는 일이 없도록 세원 관리방안을 마련하라고 통보했다.

국세청은 관련 농업법인에 대한 감면세액 추징계획을 수립해 조치하겠다고 답변했다.