감사원, 학술·장학분야 공익법인 감사결과 기재부 세제실 과세제도 운영 미숙

국세청 공익법인 사후관리 부실로 세금·가산세 등 100억원 이상 누락

2018년 현재 국내 공익법인 3만4천여개…50% 이상 종교분야 

 

출연재산에 대해 상속·증여세를 면제받고 있는 공익법인이 설립 목적인 공익사업 대신 사익추구 수단으로 악용되고 있다는 우려가 일고 있는 가운데, 해당 과세제도를 운영 중인 기재부의 법적미비로 인해 공익법인의 실효성이 저하되고 있다는 지적이 제기됐다.

 

이같은 비효율적인 공익법인 과세제도 운영과 더불어, 국세청이 적정한 사후관리에 나서지 못함에 따라 불법·부당하게 감면받은 증여세 등 총 100억원 이상을 부과하지 못한 것으로 드러났다.

 

감사원은 10일 공익법인이 편법상속 및 증여, 특수관계회사에 대한 부당지배 등 사익추구 수단으로 악용되고 있다는 우려를 반영해, 지난해 11월18일부터 12월20일까지 총 23일간 기획재정부 세제실과 국세청을 대상으로 공익법인 관련 상증법상 과세제도와 사후관리 업무 등에 대한 감사결과를 공개했다.

 

감사원 감사결과, 총 8건의 위법·부당한 사항이 확인된 가운데, 기재부 세제실 소관인 공익법인 과세제도 운영과 관련, 성실공익법인의 공익활동을 촉진하기 위해 출연재산가액 대비 일정 비율을 공익목적사업비로 지출하도록 의무화했으나, 이를 성실공익법인의 요건으로 정하지 않아 실효성이 저하된 것으로 드러났다.

 

또한 부동산 임대용역 등 공익법인과 특수관계인간의 거래에 적용되는 정당한 대가의 산정기준이 통상적인 지급대가를 반영하지 못해 특수관계인에게 혜택을 주면서 공익활동에 지장을 초래했다는 감사원의 지적이다.

 

공익법인에 대해 사후관리 중인 국세청 감사에선 다양한 사각지대가 지적됐다.

 

감사 지적사례로는 공익법인이 출연받은 재산을 3년내에 공익목적사업에 사용하지 않은 경우 증여세 부과대상임에도 이를 점검하지 않아 6개 공익법인에 대해 증여세 46억3천여만원을 부과하지 않은 것으로 드러났다.

 

또한 전산분석 사후관리 대상을 선정하면서 공익법인의 출연자 및 그 특수관계인에 대한 급여 등의 지급 여부를 점검항목에서 누락해 26개 공익법인에 대한 가산세 29억1천여만원을 부과하지 않았으며, 출연재산보고서를 제출한 공익법인을 대상으로 혐의자료를 추출하는 과정에서 2016년 이후 보고서를 제출하지 않는 10개 공익법인을 점검대상에서 누락한 것으로 밝혀졌다.

 

이외에도 봉안시설을 운영하는 법인의 경우 공익법인이 아닌 비영리법인에 해당하기에 이들이 증여받은 재산에 대해 증여세를 부과해야 함에도, 5개 비영리법인에 대해 29억6천여만원의 증여세를 부과하지 않은 것으로 드러났다.

 

이번 감사원의 감사 대상에 오른 공익법인은 공시의무가 있는 전체 공익법인 9천403개 가운데, 가장 많은 수를 차지하는 학술·장학분야 공익법인인 2천407개를 중심으로 진행됐다.

 

한편, 지난 2018년 기준으로 전체 공익법인은 3만4천843개에 달하며, 이 가운데 50% 이상이 종교분야 공익법인(1만7천606개), 학술·장학분야 공익법인이 4천624개(13.3%)를 차지하고 있다.

 

현행 상증법 제50조의3 및 같은법 시행령 제43조의3에 따라 자산총액이 5억원 이상이거나 수입금액과 그 사업연도에 출연받은 재산가액 합계액이 3억원 이상인 공익법인은 결산서류 등을 국세청 홈페이지에 공시해야 한다. 2018년 기준 공시의무가 있는 공익법인은 9천403개로, 이들 법인의 고유목적사업 및 수익사업 자산총액은 각각 163조5천241억원 및 83조6천927억원에 달한다.

 

공시의무가 있는 이들 공익법인의 2018년 기준 수익으로는 기부금 6조5천58억원, 보조금 44조2천531억원, 수익사업 수익 57조3천806억원, 기타 수익 49조1천678억원 등 총 157조3천73억원으로 집계됐다.