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구독하기 2025.06.07. (토)

내국세

정기세무조사 선정 제외 사업장 연간 70만건 넘어

국세청, 중소기업·영세사업자 등에 세무조사 부담 덜 수 있도록 제외조치 제도화

매년 정기조사 선정 제외 기준·요건 꼼꼼히 따진 후 국세행정개혁위 심의로 확정

 

국세청이 중소기업 및 소규모 영세사업자의 세무조사 부담을 줄이기 위해 정기조사 대상에서 제외하는 조사선정 제외 건수가 연간 70만건을 넘어선 것으로 나타났다.

 

특히 지난 2018년부터 설립 5년 미만인 ‘스타트업 기업’과, 수입금액 300억원(개인 100억원) 이하 ‘혁신중소기업’에 대해서도 정기조사 선정 제외제도가 운영됨에 따라, 연간 정기세무조사 제외 건수는 가파르게 증가하고 있다.

 

이와 관련, 국세청은 △수입금액 100억원 미만 법인 △소규모 개인영세사업자 △일자리 창출기업 △스타트업기업·혁신중소기업 △사회적기업·장애인표준사업장 △성실납세 협약기업 △모범납세자 등에 대해 정기조사 선정시 조사대상에서 제외하는 제도를 운영하고 있다.

 

특히, 해당 기준에 부합하더라도 공정성과 객관성을 담보하기 위해 매년 국세행정개혁위원회 산한 공평과세실현분과위원회 심의를 거쳐 최종 확정하고 있다.

 

국세청이 지정한 세무조사 선정 제외 대상별 요건을 살피면, 납세협력의무불이행 등 불성실 법인과 소비성서비스업 등 일부 업종을 제외한 수입금액 100억 미만 법인에 대해서는 소규모 법인의 성장을 지원하기 위해 지난 2011년부터 조사선정에서 제외하고 있다.

 

소규모 개인영세사업자에 대해서는 올해 말까지 한시적으로 정기조사 선정에서 제외중이나, 영세사업자의 기준에 부합해야만 조사 제외가 가능하다.

 

조사선정에서 제외되는 소규모영세사업자는 외부세무조정 대상 기준수입금액(소득세법시행령 제131의2조) 미만 사업자로, 도·소매업은 6억원 미만, 제조업 등은 3억원 미만, 서비스업 등은 1억5천만원 미만이며, 부동산임대업·소비성서비스업·고소득전문직 등 일부 업종은 제외된다.

 

일자리창출기업에 대해서는 지난 2008년부터 정기조사 선정에서 제외 중으로, 전년 대비 상시근로자 수를 ‘수입금액 300억 미만 사업자는 2%, 수입금액 300~1천500억미만 사업자는 4%’ 등 일정비율 이상 증가시킬 계획이 있고, 일자리 창출 계획서를 제출한 중소기업에 대해 정기조사에서 제외하고 있다.

 

취약계층에게 사회 서비스나 일자리를 제공하는 사회적 기업 등에 대한 세정지원을 통해 서민생활 안정과 사회적 가치실현을 뒷받침하기 위한 정기조사 선정 제외도 지난 2011년부터 시행중 이다.

 

국세청은 수입금액 500억미만(개인 20억 미만) 기업 가운데 성실신고요건을 갖추고, 사회적기업 육성법에 따른 인증요건을 충족해 고용노동부로부터 인증받은 사회적 기업과, 장애인고용촉진 및 직업 재활법에 따른 일정기준에 해당해 한국장애인고용공단으로부터 인증받은 장애인 표준사업장에 대해서는 정기세무조사 선정에서 제외하고 있다.

 

또한 2011년부터 국세청과 성실납세이행협약을 체결한 법인의 협약 사업연도에 대해 성실신고 여부를 검증해, 성실납세가 인정될 경우 조사선정에서 제외하고 있으며, 앞서 스타트업기업과 혁신중소기업에 대해서는 2018년도 선정 제외조치를 취하고 있다.

 

이외에도 모범납세자 관리규정에 따라 모범납세자 가운데 순환대상을 제외한 중소기업에 대해서는 정기 조사선정에서 제외하고 있으며, 개인납세자의 경우에는 순환조사 대상에서도 제외하는 혜택을 부여하고 있다.

 

다만, 이같은 정기조사 선정 제외조치에도 불구하고, 탈루혐의가 명백할 경우에는 예외적으로 세무조사가 착수된다.

 

한편, 국세청의 다양한 정기조사 선정제외 제도에 따라 수십만 중소기업 및 영세납세자들이 세무조사 부담에서 벗어나고 있으며, 제외되는 납세자 또한 매년 늘고 있다.

 

국세청이 최근 추경호 의원(미래통합당)에게 제출한 정기세무조사 선정 제외 현황<귀속연도 기준>에 따르면, 2014년 55만 2천122개 사업장이 세무조사에서 제외됐으며, 이듬해인 2015년에는 60만1천673개 사업장으로 늘어나는 등 60만 사업장을 돌파했다.

 

이어 2017년 스타트업기업·혁신중소기업에 대해서도 정기 세무조사 제외 조치가 시행돼 총 71만7천826개 사업장으로 증가했으며, 2018년에는 76만2천849개 사업장이 정기세무조사에서 제외됐다.

 

특히, 2018년에는 수입금액 100억미만 중소기업에 대한 세무조사 제외건수가 71만1천61건으로 전체의 93.2%를 점유하고 있으며, 스타트업기업·혁신중소기업 3만1천352개(4.1%), 일자리창출기업 1만7천516건(2.3%) 순으로 집계됐다.



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