감사원의 국세청에 대한 양도소득 과세실태 특별감사 결과, 25건의 위법·부당사항 및 제도개선 사항이 나왔다.

금번 감사는 국세청 본청 및 6개 지방국세청이 2013년 이후 추진한 업무를 세원관리, 세무조사 및 사후관리 등 3개 분야로 나눠 △양도세 신고서 검토 △기획 점검 △세무조사 처리 △각종 비과세·감면에 대한 사후관리 등이 적절히 이뤄지고 있는지에 대해 지난해 11월 7일부터 12월 2일까지 감사인원 11명이 투입돼 실지감사가 이뤄졌다.

감사결과 세원관리 분야의 경우, 국세청은 대법원의 부동산 등기부부본 전산자료를 수집해 양도세 과세대상인 ‘개인 양도등기’와 타 세목 과세대상인 ‘기타등기’로 분류한 후 ‘개인양도 등기’를 대상으로 양도세 신고자 명단과 대조확인해 무신고자를 추출하면서 문제가 발생했다.

전산 프로그램 오류 등으로 개인 양도사항을 ‘기타 등기로’ 잘못 분류하는 등 4개 유형 총 6,688건이 양도세 신고검증대상에서 누락된 것이다.

또한 기초 생활수급자 및 체납자 등 무자력자로서 2011년 이후 9억이상 고가부동산을 양도한 112명의 명의신탁 여부 점검결과, 전소유자 18명이 기초생활수급자 등 12명을 거쳐 제3자에게 양도한후 39억원을 체납한 탈세협의가 있어 조사가 필요하다는 지적도 나왔다.

한국토지공사가 2014년 분양한 ‘ㄹ지구’과 ‘ㅁ 지구’의 단독주택용지 수분양자 중 전매자 72명을 대상으로 전매차익 신고여부를 점검한 결과에서는, 56명이 평균 1억원의 전매차익을 신고한 반면 16명은 무신고해 탈세여부 조사 필요성도 제기됐다.

세무조사 분야와 관련, 동수원세무서의 경우 2015년 자경농지에 대한 양도세 감면 관련 기획점점을 하면서 기획점검 자료를 확인하면 납세자가 제출한 자영기간 중 5년이 연간 소득금액 3,700만원을 초과해 자격기간 관련 감면요건(8년)을 충족하지 못했다는 사실을 쉽게 알수 있는데, 업무 담당자가 납세자의 주장만 믿고 감면을 인정해 양도세 2억원을 부족 징수한 것으로 드러났다.

또한 서울지방국세청이 2015년 주식회사 00 등에 대한 통합조사를 실시해 비상장주식에 대한 증여세를 과세하면서, 소액거래에 해당되는 매매사례가액을 시가로 적용하기 위해서는 평가심의위원회의 자문을 거치도록 돼 있는데 위원회의 자문을 받지 않고 임의로 소액거래의 매매가액을 시가로 인정해 증여세 41억 6천만원을 부족 징수했다.

이외에 사후관리 분야에서는 연간 소득금액이 3,700만원 이상인 과세기간은 ‘8년 자경농지 감면’ 및 ‘4년 자경농지 대토감면’ 요건인 자격기간에서 제외하도록 돼 있지만, 평택세무서 등 42개 세무서가 자경기간을 잘못 산정하는 등 2012년~16 귀속연도에 총 45억 9천만원의 양도세를 부족징수한 것으로 나타났다.

또한 개인이 토지 등을 현물출자해 법인으로 전환하면서 현물출자로부터 발생한 양도차익에 대해 양도세 과세를 이월받은 경우 이후 요건 미충족 사유가 발생하면 이월된 양도세를 납부해야 하지만, 동수원세무서 등 14개 세무서는 폐업 등으로 이월과세액 납부사유가 발생한 18명에 대해 2012~15 귀속연도 양도세 29억 6천만원을 부족징수했다.

금번 감사결과에 대해 감사원은 세원관리 분야의 경우 양도세 신고검증 대상에서 누락되는 사례가 발생하지 않도록 신고검증시스템을 개선하는 방안을 마련하고, 명의신탁을 이용한 탈세혐의자와 전매차익 무신고 혐의자에 대해 탈세여부를 조사하도록 통보하는 한편, 신고서를 잘못 검토하는 등으로 부족징수된 양도세 등 47억 6천만원을 추가 징수결정하도록 국세청에 시정요구했다.

세무조사 분야에서는 기획점검이나 세무조사를 제대로 수행하지 못해 부족 징수된 세액 24억 8천만원을 추가 징수결정하도록 시정요구하는 한편, 143억 6천만원의 과세방안 마련을 통보했다.

아울러 사후관리 분야와 관련, 8년 자경농지 감면 및 개인사업자의 법인전환에 따른 이월과세에 대한 사후관리 부실로 인해 부족징수된 양도세 75억 5천만원을 추가 징수하도록 시정요구했으며, 여기에 한국농어촌공사로부터 위탁경영 농지자료를 제출받아 감면처리 업무에 활용하는 방안을 통보했다.