창업벤처 중소기업이 사업용으로 취득한 부동산을 취득과 동시에 일부 임대했더라도 유예기간내에 부동산을 취득목적에 직접 사용하는데 장애를 초래하지 않는다면 유예기간이 경과하기도 전에 사업에 직접 사용하지 않은 것으로 봐 취득세 등을 부과 처분한 것은 잘못이라는 유권해석이 내려졌다.

행정자치부에 따르면, 청구인 김某씨는 창업벤처 중소기업 자격으로 A대학교 창업보육센터에 입주해 계약기간이 만료되는 시점에 본사 건물로 사용할 목적으로 부동산을 취득하고, 기존 임차인이 임대차보호법상 계약기간 만료일까지 임차를 요구해 본사 건물로 사용하는데 지장이 없도록 약속후 일시적 임차를 했고, 임대면적 외는 자재창고와 청구인 소속의 산업연수생이 거주하는 등 당해 사업에 직접 사용하고 있었다.

반면 처분청인 경기도 ○○시 ○○구청장은 2002.4.30 청구인이 취득한 부동산을 창업벤처 중소기업의 사업용 재산으로 봐 취득세와 등록세 등을 면제했으나 청구인이 부동산 취득과 동시에 그 일부를 전 소유자에게 임대해 주택 및 부동산 중개업소로 사용하고 있어 이미 감면한 취득세 등을 부과 고지했다.

행자부는 심사결정에 앞서, 창업중소기업 및 창업벤처 중소기업이 당해 사업을 영위하기 위해 창업일로부터 2년내에 취득하는 사업용 재산에 관한 취득·등기에 대해 취득세와 등록세를 면제하지만, 취득·등기일로부터 2년이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 사업에 직접 사용하지 아니한 경우 면제받은 세액을 추징한다는 관계법령을 제시했다.

행자부는 이를 근거로 심리판단에서 "청구인이 현재 임차해 사용하고 있는 A대학교 창업보육센터의 입주계약기간이 만료되면 그후 본사 건물로 사용할 목적으로 부동산을 취득했고 과세면제 신청시 처분청에 제출한 지방세 감면자료에서 현재는 3세대에게 임대해 준 사실과 유예기간 만료일전에 사업용으로 사용할 것이라는 사실을 분명히 밝히고 있다"고 지적했다.

행자부는 또 "청구인이 취득한 부동산을 3세대에게 임대해 부동산중개업소와 주택으로 사용하고 나머지는 공실과 청구법인의 산업연수생이 사용하고 있다 하더라도 청구인이 유예기간내에 부동산을 취득목적에 직접 사용하는데 장애를 초래할 정도는 아니다"라고 처분청의 당초 의견을 반박했다.

이에 따라 행자부는 심사결정문에서 "이같은 사실관계에 따라 처분청이 유예기간이 경과하기도 전에 그 사업에 직접 사용하지 않은 것으로 봐 취득세 등을 부과한 것은 잘못"이라고 원처분을 취소토록 주문했다.