일선 세무서가 감면 제외업종 벤처기업에 대해 수백억원의 세금을 감면해 주는 가하면, 폐업, 합병, 법인전한 후에 기존사업과 동일한 사업을 영위하는 등으로 벤처기업이 아닌 법인들에 대해서도 수십억원의 벤처기업 세액감면을 해준 것으로 드러났다.

감사원은 5일 조세특례제도 운영실태 감사보고서에서 "서울 역삼세무서는 조세특례법상 감면제외업종인 전자상거래, 상품중개업 등을 영위하는 업체를 벤처기업에 해당한다고 보고 세액을 감면했다"라며 "부당하게 감면된 법인세 169억7천567만9천230원(가산세 포함)을 추가 징수하라고 조치했다"라고 밝혔다.

또한 "서울 금천세무서는 폐업, 합병, 법인전환 후에 기존사업과 동일한 사업을 영위하는 등으로 창업중소기업이 아닌 법인들이 부당하게 창업중소기업 세액감면을 받을 수 있도록 세원관리를 소홀히 했다"라며 부당 감면된 법인세 44억8천647만1천790원(가산세포함)을 추가 징수하고, 사후관리 대상 업체의 사후관리 업무를 소홀히 처리한 관련자 주의 촉구를 주문했다.

감사원은 이와 함께 "국세청 산하 각 세무서는 세액공제가 적용도지 않는 기업에 지급한 구매대금, 세액공제 한도를 초과한 구매대금 및 구매대금이 아닌 담보설정 대출금까지 부당하게 세액 공제를 했다"라며 "남대문세무서장 등 39개 세무서장은 부당하게 감면된 법인세 35억2천653만1천870원을 추가 징수결정하고, 과다 징수된 농어촌 특별세 5억3천901만1천20원을 환급 결정하라"고 조치했다.

감사원은 또 역삼세무서 등 3개 세무서는 법인세 환급대상이 아닌 '부동산공급업'을 영위한 법인이 법인세 환급대상인 '건설업'을 영위한 것처럼 해 결손금 소급공제를 적용해 법인세를 부당환급하거나 중소기업특별세액 감면을 했는데도 그대로 뒀다라고 지적했다.

게다가 북인천세무서 등 12개 세무서는 중소기업특별세액 감면을 할 수 없는 매출누락 등에 따른 부당과소신고금액을 부당하게 감면결정 함으로써 종합소득세 또는 법인세를 부족 징수한 것으로 드러났다.

금정세무서 등 4개 세무서는 중소기업에 해당하는 법인이 소기업의 감면비율을 적용해 중소기업특별세액 감면세액을 계상해 신고·납부한 것을 그대로 둠으로써 법인세를 부족 징수했다고 감사원은 밝혔다. 

감사원은 이 외에도 ▲법인 전환한 개인병원에 양도소득세 이월과세 부적정 ▲기업구조조정 전문회사의 비과세소득에 대한 법인세 징수 부적정 ▲경정결정 등으로 변동된 이월결손금 세원관리 부적정 ▲농지대토 양도소득세 비과세 요건 검토 부적정 ▲영농조합법인에 대한 법인세 면제 부적정 ▲수도권 내 중기업에 대한 중소기업특별세액 감면 부적정 ▲연구·인력개발비 세액공제 과다로 법인세 부족 징수 ▲연구·인력개발준비금 손금 및 익금산입 부적정 ▲배당세액공제 과다로 소득세 부족 징수 ▲세액 감면·공제 중복 적용으로 법인세 부족 징수 ▲간접외국납부세액 익금산입 누락에 따른 법인세 부족 징수 ▲다수업종을 영위하는 중소기업에 중소기업특별세액 감면 부적정 ▲미술관 이전에 따른 양도소득세 감면 부적정 ▲세액 감면·공제의 동시 적용 시 적용순서 관련 규정 미비 등을 지적, 시정 조치할 것을 주문했다.