2010년 예산안 중 기획재정부의 디지털 예산 회계시스템 운영, 국세청의 납세 교육 및 관세청의 중앙관세분석소 이전 사업 등이 문제점으로 지적됐다.

국회 예산청책처는 최근 "2010년 예산안 분석"을 통해 기획재정부 및 국세청, 관세청의 예산안 분석결과를 발표했다.

예산청책처는 자료를 통해 기획재정부의 경우, 203억 5천100만원(2009년 대비 3.1%감소)의 예산이 책정된 디지털 예산 회계시스템의 경우 운영 성과가 미흡하고 시스템 기능의 보완이 필요하다고 지적했다. 특히 여비 운영비 및 업무추진비 집행률 부진하고 e-호조 등 연계시스템과 관련된 재정통계에 대한 신뢰성 문제 존재하므로 국회 등 정책결정자에 정보 제공을 강화해 재정의 투명성 제고 필요가 있다고 평가했다.

또한 현재 332조 4천억원(2009년 대비 25.6% 증가)의 예산을 계획하고 있는 외국환평형기금의 기금 예수금 수입 규모를 감액해, 여유재원을 외환 매입에 우선 사용, 궁극적으로 공자기금에서 발행하는 국채 규모를 감소시킬 필요가 있다고 청책처는 밝혔다.

그밖에도 재정부의 연구개발비 집행실적 부진, 공공자금관리기금 융자사업 집행실적 부진과 예산 과다편성 및 한국수출입은행 후순위채권발행을 통한 정부 출자규모 축소 필요성이 개선사항으로 평가됐다.

한편 정책처는 국세청의 경우 현재 23억 8천800만원(2009년 대비 8.1%감소)이 책정된 납세안내 및 세금교육 지원사업이 과다하게 책정됐다며 그 이유로 온라인 홍보 집행률 부진(19.1%)을 비롯한 연례적 예산 불용을 들었다. 또한 13억 8천만원이 편성된 대형집단상가 등 기준시가 산정사업 집행도 실적 부진을 이유로 과다책정됐다고 언급했다.

또한 정책처는 관세청의 경우 2009년부터 2012년까지 총 130억원 투입해 진주혁신도시에 건설 예정인 관세청 중앙관세분석소 이전 사업에 대한 재검토를 건의했다.
정책처는 그에 따른 근거로 직원 26명과 그에 따른 가족 포함 총 100여명 인원이 이동하는 중앙관세분석소의 이전은 지역균형발전에 경제적 효과가 미미하며 마약적발 분석 의뢰의 97%를 차지하고 있는 인천공항사관, 국제우편세관과 세관분석 의뢰 77%를 차지하고 수도권과 떨어져 있어 신속 적발 대응에 차질이 있을 수 있음을 언급했다. 따라서 정책처는 이에 대한 대안으로 진주세관부지 활용하는 방안과 관세국경관리연수원 소재 천안 이전을 검토하는 방안을 제시했다.

정책처는 이와 함께 25억 7천400만원의 예산이 책정된 관세청 밀수감시단속 포상금 예산안을 늘리고 이중 작년 공무원 지급된 18억 3천360만원의 포상과 민간인에게 지급된  7억4천만원의 포상 비율 현황을 합리적으로 조정할 필요가 있다고 밝혔다.