법인세법에서도 상속·증여법상의 자산 고·저가 양수양도 증여의제규정과 같이 거래 당사자간의 거래 당시의 특수성을 인정해 부당행위계산부인액을 계산해야 한다는 주장이 제기됐다.

김상영 상지영서대학 교수는 최근 '부당행위계산제도에 대한 세목별 연구 고찰'이라는 논문을 통해 "현행 법인세법의 부당행위계산에서는 특수관계자와의 거래시 자산의 거래가액이 시가보다 미달하거나 초과하는 경우 무조건 미달액 또는 초과액 전액을 익금 산입하고 있다"며 "이는 해당 거래의 특수성을 인정하지 않는 문제점이 있다"고 밝혔다.

그는 "지난 2000년말 상속·증여세법 개정시 특수관계자간의 자산의 고가 양도 및 저가 양수때의 시가의 ±30% 해당액에 대해서는 증여의제액에서 차감해 합리적으로 세법이 개정됐다"며 "그러나 현행 법인세법에서는 아직까지 시가와 조금이라도 차이가 나면 차이난 금액에 대해 부당행위계산 부인규정을 적용하고 있어 합리적이지 못하다"고 설명했다.

이에 따라 그는 "법인세법에서도 거래 당사자간의 거래 당시 정황 및 상황을 감안하는 상속·증여세법의 고·저가 양수양도의 증여의제규정을 적용, 시가의 ±30% 해당하는 금액을 부당행위계산부인액에서 차감해 계산해야 하는 것이 바람직하다"고 강조했다.