나. 개별관리의 경우
'개별관리'란 대학교수 등이 연구주체가 돼 연구비를 관리하는 경우를 말한다. 이와 같이 연구비를 개별관리하는 경우에는 사업소득으로 구분한다. 사업소득에 해당하는 연구용역의 총수입금액은 계약의 체결과 용역비의 수령주체에 따라 다음과 같이 계산한다.

(1)대학교 등이 연구계약을 체결하고 대가를 수령하는 경우
대학교 등이 기업으로부터 연구용역의 대가를 수령해 그중 일부를 연구 간접비로 공제하고, 교수 등에게 지급하는 경우에는 연구용역에 대한 교수 등의 사업소득 총 수입금액은 당해 교수 등이 대학교 등으로부터 지급받는 금액으로 한다.

(2)교수 등이 연구계약을 체결하고 대가를 직접 수령하는 경우
대학교수 등이 연구계약을 체결하고 그 대가를 직접 수령한 경우에는, 교수가 기업으로부터 받는 연구용역비 총액을 그 연구용역에 대한 사업소득 총 수입금액으로 한다.

4. 소득구분별 소득금액의 계산
가. 기타 소득에 해당하는 경우
기타 소득으로 구분되는 연구용역 대가에 대하여는 그 75%를 필요경비로 인정한다. 따라서 받는 연구용역 대가의 25% 해당 금액만 기타 소득금액으로 계상된다.

기타 소득금액을 지급하는 대학교 등은 그 25%에 해당하는 소득금액에 대해 소득세와 주민세를 원천징수해야 한다. 이 경우 원천징수세율은 소득세는 25%에 해당하는 기타 소득금의 20%, 주민세는 원천징수되는 소득세의 10%이다.

그리고 기타 소득금액이 있는 대학교수 등은 이를 근로소득금액 등과 합산해 종합소득세 확정신고·납부를 해야 한다. 다만 기타 소득금액의 연간 합계액이 300만원이하인 경우에는 종합소득에 합산과세를 받지 아니할 수 있다.

나. 사업소득에 해당하는 경우
대학교수 등의 연구용역이 사업소득으로 구분되는 경우에는 근로소득 등 다른 종합과세대상 소득과 합산해 종합소득세 확정신고·납부를 해야 한다.

사업소득의 소득금액은 연구용역대가 총수입금액에서 인건비·물품대(재료비) 등 필요경비를 공제한 금액으로 한다. 다만 장부를 기장하지 아니하고 기준경비율이나 단순경비율에 의해 계산한 금액을 비용으로 인정해 다음과 같이 소득금액을 계산한다. 2003년 귀속분 용역대가 등에 대하여는 직전연도 수입금액이 6천만원이상이면 기준경비율을, 미달하면 단순경비율을 적용한다.

(1)기준경비율에 의한 소득금액
①매입비용과 임차료:세금계산서, 계산서, 신용카드 매출전표 등 정규 증빙서류를 수취해야 하며, 간이세금계산서나 일반영수증을 수취한 금액은 주요경비 지출명세서를 제출해야 한다.

연구용역대가-주요경비(매입비, 인건비, 임차료)-연구용역대가×기준경비율(22.0%)

②인건비:원천징수 영수증, 지급조서를 세무서에 제출하거나 지급관련 증빙서류를 비치·보관해야 한다.

연구용역대가―연구용역대가×단순경비율(62.1%)

(2) 단순경비율에 의한 사업소득금액
다만 2004년 귀속분 까지는 기준경비율에 의해 계산한 소득금액이 단순경비율에 의해 계산한 사업소득금액에 국세청장이 정하는 배율을 곱한 금액을 초과하는 경우에는 그 배율을 곱한 금액을 소득금액으로 할 수 있다.  배율은 매년 '기준경비율심의회'의 심의를 거쳐 국세청장이 결정하는데 2003년 귀속분은 1.4이다.

기준경비율 또는 단순경비율을 적용할 때에는 수입금액 4천만원 초과분에 대한 초과율 적용, 타가 사업자와 자가 사업자에 대한 적용특례, 장애자 보호를 위한 단순경비율 적용특례 등이 있으므로 해당자는 유의해야 한다.

대학교수 등이 연구보조원을 채용해 급여·수당·장학금 등을 지급하는 경우에는 근로소득에 해당하는 바, 그 근로소득에 대해 원천징수·납부해야 한다.

5. 종합소득세의 계산 순서
종합소득세는 종합소득금액, 과세표준, 산출세액, 결정세액, 총 결정세액, 납부할 세액의 계산 등 6단계로 순서에 따라 계산한다.

가. 종합소득금액의 계산
종합소득의 과세대상인 이자소득금액, 배당소득금액, 부동산 임대소득금액, 사업소득금액, 근로소득금액, 일시재산소득금액, 연금소득금액, 기타소득금액 등 8가지 중 자기에게 해당되는 것들을 합산해 종합소득금액을 계산한다.