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내국세

법인세 신고 체크포인트…R&D세액공제 사전심사 받고 신고하면 사후관리 제외

3월 법인세 신고 전까지 사전심사 받으면 신고 즉시 반영 가능

국세청, 2020년부터 사전심사제도 도입 시행

사전심사 후 신고 반영시 신고내용확인 및 사후관리대상 제외

 

작년 하반기부터 비용 확정 없어도 기술검토 분야만 별도 신청할 수 있어

사전심사 결과에 이의 있으면 1회 한해 재심사 요청 가능

 

국세청이 연구·인력개발비 세액공제 사전심사제도를 운영 중인 가운데, 오는 3월 법인세 신고를 앞둔 기업이라면 해당 제도를 적극 활용할 필요가 있다고 30일 밝혔다.

 

연구·인력개발비 세액공제 사전심사는 연중 상시 신청이 가능하나, 3월 법인세 신고기한 전까지 심사 결과를 통지받으면 즉시 신고에 반영할 수 있다.

 

기업이 통지받은 사전심사 결과를 3월말 법인세 신고에 반영할 경우 신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외되는 것은 물론, 나중에 심사결과와 다르게 과세처분이 되더라도 가산세가 면제되는 혜택을 받을 수 있다.

 

지난 2020년부터 도입된 연구·인력개발비 세액공제 사전심사제도는 내국인의 신청에 따라 세액공제 적정 여부를 국세청이 사전에 확인해 주는 제도로, 납세자의 세무상 불확실성을 해소하고 가산세 부담을 완화하는데 초점을 두고 있다.

 

이와 관련, 연구·인력개발비 세액공제는 실제 활동 여부와 공제대상 비용 범위에 대해 납세자와 과세관청간의 이견이 종종 발생하는 가운데, 세무조사 과정에서 세액공제가 잘못 신고된 것으로 확인될 경우 수년간 공제받은 세액은 물론 가산세까지 추징된다.

 

연도별 연구·인력개발비 세액공제 규모(단위: 개, 억원)

구분

2019

2020

2021

기업수

공제액

기업수

공제액

기업수

공제액

34,122

22,305

37,525

26,430

38,413

26,342

일반

1,453

9,658

1,526

13,413

1,450

13,409

중소

32,669

12,647

35,999

13,017

36,963

12,933

<자료-국세통계연보>

 

반면 국세청을 통해 사전에 연구·인력개발비 세액공제의 적정성을 심사받은 후 심사 결과에 따라 세액공제 금액을 반영해 법인세(소득세)를 신고할 경우 신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외된다.

 

특히 세무조사 과정에서 사전심사 결과와 다르게 과세처분이 되더라도 과소신고가산세가 면제되는 혜택을 받을 수 있다.

 

세무 불확실성을 해소하고 가산세 부담 또한 덜 수 있는 연구·인력개발비 세액공제 사전심사는 내국법인과 거주자(개인사업자) 모두 신청할 수 있으며, 연구·인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 경우 법인세(소득세) 신고전까지 사전심사를 신청할 수 있다.

 

연구·인력개발비 세액공제 사전심사 신청기한 

법인세(소득세) 신고 전

법인세(소득세) 신고 후

법인세(소득세) 신고 전까지는 사전심사를 신청하여 결과통지 받은 경우, 그 심사결과를 신고내용에 반영 가능

법인세(소득세) 신고 후에는 신고누락분에 대하여 경정청구, 수정신고, 기한후신고 이전까지 신청가능

<자료-국세청>

 

또한 법인세(소득세) 신고 이후에는 세액공제 신고 누락분에 대해 경정청구, 수정신고, 기한후신고 이전까지 사전심사 신청이 가능하다.

 

신청방법은 홈택스(www.hometax.go.kr), 우편, 세무서 민원실·지방국세청 법인세과를 통한 방문접수로 가능하며, 홈택스 신청시에는 공인인증서를 통해 로그인해야 한다.

 

사전심사 신청대상으로는 연구·인력개발을 위해 이미 지출한 비용은 물론, 지출예정 비용도 신청이 가능하며, 여러 가지 연구과제가 있는 경우에는 특정과제에 대해서만 신청할 수도 있다.

 

특히 지난해 7월부터는 세액공제 여부에 대한 불확실성을 조기에 해소하기 위해 비용이 확정되지 않았어도 연구개발 활동 여부(기술검토)만 신청할 수 있도록 개선했다.

 

다만 세액공제를 이미 신청한 사항이나, 보완 요구가 있었음에도 보완하지 않은 사항, 정당한 사유 없이 답변이나 자료제출을 거부하는 경우에는 심사에서 제외될 수 있다.

 

연구·인력개발비 세액공제 사전심사 신청시 제출해야 하는 서류들로는 △신청서 △연구개발 보고서 △연구개발비 명세서 △그 밖의 공제대상 연구·인력개발비임을 증명하는 서류를 제출해야 한다.

 

연구·인력개발비 세액공제 사전심사 입증 서류 예시

항 목

서류 예시

연구활동(기술검토) 증빙

공통증빙

적 구

연구원 등록현황(KOITA) 연구원 업무분장표

비용증빙

인 건 비

급여대장

재 료 비

과제별 재료비 집행 내역(품목, 수량, 금액, 거래처 등)

위탁개발비

수탁계약서 및 관련증빙(위탁과제 집행 내역)

수탁개발비

과제협약서, 과제비 집행내역서

<자료-국세청>

 

국세청은 납세자가 신청한 연구·인력개발비 세액공제 사전심사에 대해 기술과 비용 측면에서 세액공제 적정 여부를 검토한다.

 

이와 관련, 기술검토 분야에선 신청인이 수행한 연구개발 활동이 조세특례제한법 제2조 제1항의 연구개발에 해당하는 여부를, 비용검토분야에서는 연구·인력개발에 지출한 금액이 조세특례제한법 제10조에서 정한 공제대상인지 여부를 심사한다.

 

연구·인력개발비 비교 <자료-국세청>

기술종류

정 의

검토 기관

기술·비용검토

기술분류*

일반 연구·인력

개발비

(연구개발비) 신성장원천기술 및 국가전략기술

연구개발비에 해당하지 않는 연구개발비

국세청

-

(인력개발비) 내국인이 고용한 임원 또는

사용인의 교육훈련비

신성장·원천기술

연구개발비

조특령 별표7에서 규정한 기술에 대한

연구개발비

한국산업기술

진흥원(KIAT)

국가전략기술

연구개발비

조특령 별표72에서 규정한 기술에

대한 연구개발비

<자료-국세청>

 

사전심사를 전담하는 기관도 이원화돼, 기술검토는 국세청 본청 공익중소법인지원팀에서 전담중이며, 비용심사의 경우 중소기업은 각 지방국세청 법인세과 전담팀에서 중견기업과 일반기업은 국세청 본청 공익중소법인지원팀에서 각각 심사를 담당한다.

 

사전심사는 신청인의 편의를 위해 비대면 방식의 서면심사가 원칙으로, ‘서류확인(보완요청)→서면심사(기술·비용검토)→현장확인(필요시)→검토보고서 작성→결과통지’ 순으로 진행된다.

 

연구·인력개발비 세액공제 사전심사 업무 흐름도

 

이 과정에서 제출서류만으로 사실관계가 정확하게 확인되지 않은 경우 보완을 요구하거나 현장확인이 진행될 수 있다.

 

한편 납세자는 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 결과에 이의가 있는 경우 1회에 한해 재심사를 요청할 수 있다.






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