현재 지방의료원은 2005년 '지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률' 제정으로 '지방공기업법'의 적용을 받던 지방공사의료원이 전환된 것이다.

지방의료원은 지방공기업과 마찬가지로 지방자치단체가 운영하는 공공의료기관으로 공공성을 지닌 의료사업을 수행하는 기관이다.

따라서 지방의료원은 지방공사기업으로 인정받아 지방세 감면혜택을 부여받아왔다. 그런데 2006년 지방세법이 개정되면서 지방의료원에 대해 지방세 감면 혜택이 축소됐다. 즉 '그 고유업무에 직접 사용하기 위한 부동산'에서 '지역 주민에 대한 의료사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산'으로 규정이 바뀐 것이다.

그 결과 지방의료원의 재정 상태는 더욱 악화될 수밖에 없었다. 더구나 지방의료원은 공공기관의 성격을 갖고 있는 만큼 저렴한 진료비, 의료수가의 적용을 받지 않은 무료 방문 진료, 알코올 상담센터 운영, 무료 건강검진 등 민간병원이 담당할 수 없는 의료서비스 등을 수행함에 따라 경영이 매우 어려운 상태였다.

공공기관의 수익성을 높이기 위해 개혁을 부르짖는 지자체로서는 엄청난 적자를 보고 있는 지방의료원이 곱게 보일리가 없었다. 따라서 지방의료원은 자체내 수익성을 높이기 위해 장례식장이나 매점 경영 등과 같은 진료외 수익을 비급여 진료에 집중하고 있는 실정이다.

하지만, 지방세법의 개정으로 인해 장례식장 등 일부 부동산의 경우 지방의료원에서 직접 사용하더라도 의료사업에 사용하는 부동산이 아니라는 이유로 감면 대상에서 제외돼 적자폭을 더 키우는 요인이 돼 왔다. 더구나 현재의 지방공기업의 감면 기준과 비교할 때도 조세부과의 형평성 등에 어긋난다는 지적이 있어 왔다.

지자체들은 지방의료원은 공공의료기관으로서 지역사회에 미충족된 보건의료서비스를 제공하고 있는 공공성과 지방세 감면을 통해 절감된 비용은 지역주민들에게 양질의 보건의료서비스로 환원될 수 있다는 점을 강조했다.

하지만, 자치단체의 다른 수익사업용 부동산에 대한 감면 여부와 함께 이 개선 내용을 수용할 경우 다른 공공기관들과의 수익사업용 부동산과의 형평성 등이 과제이다.

정부는 이러한 내용을 토대로 다각적인 검토를 한 후 내부적인 심화토론을 거쳐 확정할 계획이다.