종교단체 및 비영리사업자가 취득한 토지를 3년 이내에 그 용도에 직접 사용하지 못한 '정당한 사유'에는, 사용금지 또는 제한된 토지를 취득해 3년간 제한 및 사용금지한 행정처분은 포함되지 않는다는 감사원의 결정이 나왔다.

감사원은 최근 취득세 등 부과에 관한 심사청구에서 청구인이 주장한 "담당공무원으로부터 정당하게 받을 수 있는 적절한 행정서비스를 받지 못해 토지의 취득목적대로 사용하지 못한 것"은 비과세하는 정당한 사유가 될 수 없다며 청구를 기각했다.

청구인 A씨는 비영리사업단체인 B교회 대표자로 2003년 7월7일과 7월 21에 총 450여㎡의 토지를 취득하고 7월 22일에 비열리사업자가 취득한 토지로 취득세를 면제받았다. 그러나 3년이 지나도록 종교집회장으로 건축을 하지 못하자 처분청은 2007년 2월 10일 토지취득가액 1억6천여만원을 과세표준으로 해 1천1백여만원의 취득세를 부과고지했다.

청구인 A씨는 건축 행위에 필요한 인·허가 등을 추진하는 과정에서 담당공무원으로부터 정당하게 받을 수 있는 적절한 행정서비스를 받지 못해 3년기간 내에 직접 사용하지 못한 것이므로 부당하다고 주장했다. 실제로 A씨는 건축허가를 받기 위해 처분청에 건축 허가를 신청했다.

하지만 처분청은 '공유수면관리법'에 따라 청구인의 건축허가신청서상 진입도로로 사용하는데 있어 주변 토지소유자로부터 토지사용승락서를 받아오게 했으나 허가받지 못해 두 차례나 자진해서 건축허가 신청을 취하했다.

A씨는 도로사용을 위해 주변 토지소유자를 수차례 방문해 결국 2006년 6월경 토지사용승낙서를 받고 2006년 7월 3일 공유수면점용허가 신청을 했고 다음날 점용허가를 받았으며, 토지 취득 이후 3년 2개월이 지난 2006년 9월 18일에서야 건축허가를 받았다.

감사원은 "종교단체 등 비영리사업자가 3년이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접사용하지 않는 경우엔 취득세 등을 추징하도록 돼 있다"며 "그러나 이 경우처럼 토지취득 당시부터 이미 법령 등의 규정에 의해 사용금지 또는 제한된 토지를 취득하고 그 제한 및 사용금지가 계속됨으로써 유예기간이 지나도록 고유업무에 직접 사용하지 못하게 된 경우까지를 정당한 사유에 포함하는 것은 아니다"라고 밝혔다.

또 청구인 A씨가 이 사건 토지에 건축물을 신축하기 위해 진출입로 확보가 당연한 것인데도 이를 확보하는데 있어 인근 토지소유자들로부터 토지사용승낙서를 받는데 시일을 보내 3년의 유예기간을 넘긴 것은 정상적이고 진지한 노력을 다했다고 보기 어렵다고 했다.

이 판단에 따라 감사원은 처분청이 청구인에게 이 사건 토지 취득 후 3년이내에 고유업무에 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 없다고 보아 취득세 등을 추징한 것은 정당하다고 결정하고 심사청구를 기각했다.