관세청으로부터 관세조사·심사 착수통지서 및 추징고지서를 받을 경우 수정수입세금계산서를 세관장으로부터 받지 못함에 따라, 수입업체가 매입세액을 공제받지 못하는 사례가 확산되고 있다.

수입업계 및 관세사업계 등에 따르면, 수정수입세금계산서 발급 제한이 시행된 2013년 7월이후 부가세액 1억원 이상을 추가 납부하고도 매입세액을 공제받지 못한 수입업체만 600여개를 넘어선 것으로 알려지고 있다.

더욱이 1억원 이하 업체를 포함할 경우 수정수입세금계산서 미발부에 따라 부가세를 환급받지 못한 수입업체는 더 늘어날 수밖에 없는 등 당초 신고한 세액에 더해 추가로 세금을 납부했음에도 수정세금계산서를 받지 못하는 등 사례가 속출하고 있다.

이와관련, 관세청은 수입업자가 당초 신고·납부한 관세 및 부가세의 부족분이 발생할 경우 이를 추징고지하면서 관할지 세관장을 통해 수정수입세금계산서를 발부 해 왔으나, 지난 2013년 7월 부가세법 및 시행령 개정을 통해 수정세금계산서 발부 제한 사유를 신설해 운영중이다.

이에따르면, 세관의 과세표준 또는 세액결정 고지서를 받거나, 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위, 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위해 현지출장이나 확인 업무에 착수하는 행위 등이 있을 경우 수정수입세금계산서가 발급되지 않는다.

관세사업계와 수입업계는 제도 도입 이전부터 크게 반발해, 수정수입세금계산서가 발급되지 않을 경우 매입세액을 공제받지 못하게 되며, 더욱이 납부한 부가세도 환급받지 못하는 등 부가세의 이중납부와 부당납부임을 항변해 왔다.

그럼에도 세수증대라는 국고주의적 측면을 고려한 기재부와 관세청의 입장이 반영돼, 별다른 수정 없이 시행돼 지금에 이르고 있다.

한편, 수정수입세금계산서 미발급에 반발해 아태무역관세컨설팅과 법무법인 대륙아주, 법무법인 삼익 등이 공동으로 수입부가가치세 환급공동 신청 대응에 나선 것으로 알려졌다.

수정수입세금계산 미발급 사태로 인해 환급을 받지 못한 수입업체를 대리해 환급신청에 나설 예정인 이달 3社는 관세조사·관세심사 등을 이유로 부가세를 납부한 법인 또는 개인사업자가 대상으로 이달 20일까지 1차 소송단을 모집중에 있다.

김용일 아태무역 관세컨설팅 대표관세사는 “부가세는 최종 소비자가 부담해야 할 세금을 거래단계에서 미리 납부하고 세금계산서를 통해 다시 환급받는 방식”이라며, “지금처럼 추가 납부한 부가세에 대해 수정세금계산서를 세관에서 발급하지 않는다면 그 자체로 납부한 부가세를 환급받지 못하게 되는 등 부가세 원칙에도 어긋나고 무역업체에게는 부당한 준조세를 지우고 된다”고 지적했다.

김 관세사는 특히 “세관의 수정수입세금계산서 미발급 행위는 비록 부가세법 개정에 의한 것이지만, 부당한 부가세의 이중납부를 강요하는 행위”라며, “국가의 부당성을 일깨우기 위해 부가세 환급신청을 공동으로 진행하고자 한다”고 이번 공동대응에 대한 배경을 밝혔다.

공동대응에 나서는 이들 3사가 밝힌 향후 환급절차에 따르면, 1단계로 부가세 환급신청, 2단계로는 심사청구 및 행정소송을 진행할 계획으로, 필요시 소송 과정에서 부가가치세법에 대한 헌법재판도 병행할 방침이다.

다음은 이들 3사가 파악한 수정수입세금계산서 미발급에 따른 주요 사례다.

△관세심사 통지를 받고 나서 수정신고하는 경우에는 사실상 관세심사가 아직 이루어지지 않아 관세신고납부에 대해서 사실상 자진신고했음에도, 단지 관세심사의 통지가 이루어진 시점 이후라는 사실만으로 적절하게 납부된 부가가치세에 대한 수정세금계산서가 발급이 안되고 있다.

△중국에 임가공 수출입하는 기업의 경우에 원단 등을 무료로 제공하여 생산지원비의 누락으로 관세심사결과 부가가치세를 추가로 추징당하는 사례가 다수로,  이 경우 관세조사의 결과 무혐의로 판정되어 관세법위반이 안된다고 관세청에서 판단하는 경우에도 납부한 부가가치세에 대한 수정세금계산서의 발급이 되지 않아 수입업체가 어려움을 겪고 있다.

더욱이 이같은 관세법위반조사결과 무혐의임에도 불구하고 수정세금계산서가 발급되지 않아 업체피해가 더욱 커지고 있다.

△외국인투자업체인 A사의 경우, 특수관계로 인한 이전가격이 수입가격에 영향을 미쳤다고 하여 일부 추징됐으나, 특수관계의 가격영향여부는 회계학적 접근방법이 필요하고 그 산업계의 일반적인 관행을 판단하기 매우 어려움에도 이러한 경우까지 납부한 부가가치세에 대한 수정세금계산서를 발행해 주지 않아 이를 매입공제에 사용하지 못하게 되어 최근 환율 등 어려워지는 경제여건에 적응하지 못해 어려움을 겪고 있다.

△국내수입자와 해외수출자가 거래하는 가격이 일반적으로 산업계의 관행에 맞지 않아 수입가격이 부정되고 제2방법이하의 가격으로 새로운 과세가격이 결정되어 추징되는 경우에도 납부한 부가가치세에 대한 수정세금계산서의 발급이 되지 않고 있다.

△가방등을 수입하면서 로얄티를 주는 경우 이 로얄티가 수입물품과 관련성이 없다고 판단하여 관세신고를 하지 않았으나 사후에 관세심사의 결과 이 로얄티가 관련성이 있다고 세관에서 판단하여 추징하는 경우에도 수정세금계산서가 발행되지 않고 있다.

△구매수수료를 누락하여 사후에 추징받은 경우, 구매수수료는 그 과세요건상 일반수입자가 판단하기에는 어려운 부분이 있음에도 추징된 부분에 대한 수정세금계산서가 발급되지 않고 있다.