내년부터 1주택자가 고향주택 취득으로 2주택이 된 경우 취득 당시 20만명 이하의 도시에서 10년이상 거주해 종전 주택을 양도하면 양도세가 비과세 된다.

또 양도세 신고서 작성시 발생하는 세무대리비용의 경우도 양도비 범위에 포함돼 필요경비로 공제되며, 수도권 외의 지역에 소재하는 공시가격이 가장 큰 주택에 대해서는 종부세 합산배제 대상이 된다.

기획재정부는 23일 국회를 통과한 13개 세법 개정안에 대한 후속조치로서 19개 세법 시행령을 개정하고 26일 공포한다고 밝혔다. 

이번 세법시행령 개정은 중산·서민층 생활안정 지원, 기업하기 좋은 환경 조성, 부동산과세 제도 합리화 등에 중점을 두고 추진했다.

재정부는 이번 세법에서 부동산 과세제도와 관련해 양도소득세와 종합부동산세 과세 합리화에 초점을 맞췄다고 밝혔다.

■ 양도소득세 과세제도 합리화

양도소득세의 경우 1주택자가 고향주택을 취득해 2주택이 된 경우 가족관계등록부 기준지 소재지로 10년 이상 취득당시 인구 20만명 이하의 지역에서 거주하며, 건물 150㎡(공동주택 116㎡)이하에 거주하게 되면 양도세가 비과세 된다.

또 1주택자가 혼인·동거봉양으로 2주택자가 된 경우 각 5년 기한내 양도하는 주택에 대해서는 1세대 1주택 양도소득세 비과세를 적용한다. 기존에는 2년이었던 것을 대폭 연장한 것이다. 이 경우 시행일 현재 혼인·동거봉양합가 후 2년이 경과한 경우에도 혼인·동거봉양 합가 후 5년이 되는 날까지 양도시 비과세 적용이 가능하다.

농지상속 후 3년 내에 공익산업 용지로 지정된 경우 양도시기에 관계없이 피상속인 경작기간을 통산해 8년여부를 판정하기로 했다.

중소기업이 수도권 과밀억제권역을 제외한 지역으로 공장을 이전할 경우에는 분할과세가 적용된다. 분할과세는 내국법인은 2년거치 2년 분할 익금산입, 개인은 2년거치 2년 분할 납부가 가능하다.

양도소득시 계산시 세무대리비용 등 신고서 작성 비용도 양도비에서 필요경비로 공제대상이 됐다. 이는 공포일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용이 가능하다.

■ 종합부동산세 과세제도 합리화
혼인 및 동거 봉양으로 1세대 2주택이 되는 경우 독립세대로 간주하는 유예기간을 기존 2년에서 5년으로 늘려 세부담을 완화했다. 이 경우도 양도세처럼 시행일 현재 혼인·동거봉양합가 후 2년이 경과한 경우에도 혼인·동거봉양 합가 후 5년이 되는 날까지 독립세대로 인정하기로 했다.

종부세 과세표준 계산시 적용되는 공정시장가액비율도 종전 100%에서 주택 및 종합한산과세 대상 토지 및별도합산과세 토지 모두 80%로 적용하되, 2009년 70%, 2010년은 75% 적용키로 했다.

또 지방미분양 아파트를 해소하기 위한 조치로 수도권 외 지역에 소재하는 공시가격이 가장 큰 주택에 대해서는 종부세 과세표준 합산대상에서 제외된다. 단, 납세자가 선택한 다른 주택이 있는 경우에는 해당 주택이 대상이 될 수 있다.

■ 미분양 주택 해소 등 건설경기 활성화
건설임대주택 미임대시 종부세 합산배제되는 미임대 기간을 6개월 이내에서 2년으로 연장해 미분양주택 확대에 따른 건설업계의 부담이 경감될 전망이다.

또 종부세 합산배제 대상이 되는 미분양 주택의 범위에 주택건설업자(시공사)가 주택신축판매업자(시행사)로부터 대물변제로 취득하는 미분양 주택을 포함되며, 시공사가 대물변제로 취득한 경우 주택신축판매업자의 보유기간은 제외하고 잔여기간만 비과세 하되, 최대 5년까지 가능하게 했다.

종부세 합산배제 대상이 되는 매입임대주택의 범위도 확대됐다. 비수도권에 한해 임대호수는 5호에서 1호 이상으로 호수 제한을 폐지했고, 면적도 85㎡에서 149㎡이하로 확대하고, 의무임대기간은 10년에서 7년으로 낮췄다.

대한주택보증의 환매조건부로 취득하는 지방 미분양주택은 법인세 추가과세(30%) 대상에서 제외해 건설사에 대한 유동성 지원의 실효성을 제고했다.

한국토지공사의 토지매입시 취·등록세를 면제하는 대신 농특세를 과세하던 것을 이번 시행령에서는 아예 이마저도 비과세했다. 재정부는 그 이유에 대해 "SOC 및 산단용지 공급, 토지수급조절을 위해 공공토지비축 계획에 따라 토지은행이 개발예정지 등을 비축·관리하는 제도의 정착을 위한 것"이라고 설명했다.

■ 비사업용 토지 중과제도 개선
이번 시행령은 법인세 추과과세(30%) 대상이 되는 비사업용 토지에서 제외는 토지로 ▶ 5년 이상 보유한 공익사업용 수용토지(기존 10년) ▶기업의 구조조정을 위해 양도하는 토지 ▶학교 법인이 기부받아 소유한 토지도 포함해 기업구조조정, 공익사업 및 교육재정 확충 등에 지원했다.