관세청은 국세청으로부터 관세 체납업체에 대한 국세 환급예정내역을 사전에 통보받아 환급액을 체납액에 충당하는 등 채권보전조치를 위한 시스템이 미비하여 국세청에서 2000년 1월부터 2004년 11월 사이에 643억 원의 관세 체납액이 있는 664개 업체에게 무려 227억 원의 국세를 환급한 것으로 나타났다.

국회 재경위 이혜훈 의원은 지난 9월28일 관세청 국정감사 자료를 통해 이와같이 밝히고 감사원의 관세 과세자료 활용실태에 따르면 서울특별시 강남구 소재 주식회사 OO에서는 총 193억 원(1차 ’00년 68억 원, 2차 ’01년 125억 원)의 외국인투자신고를 하였으나  1차분 68억 원만 실제 납입했다고 자료를 제시했다.

       

또한 자료분석을 통해 주식회사 OO업체는 1차분의 경우 관세 면제한도액인 68억 원보다 7억여 원을 초과한 75억 원의 수입자본재를, 2차분의 경우 실제 투자되지도  않은 87억 원의 수입자본재에 대하여 관세 6억 8천만여 원, 부가가치세 11억 2천만여 원 계 18억여 원을 부당하게 면제받았다고 덧붙였다.

이혜훈 의원은 조세특례제한법 제121조의3 규정에 의해 관세청은 외국인투자기업이 수입하는 자본재에 대해 외국투자자가 실제 투자한 금액을 한도로 과세 등을 면제하여야 하나 실제 투자 자금을 납입하지 않았는데도 관세를 면제한 것이라고 지적했다.

처리과정에서 결국 관세청이 잘못 발급된 “자본재 도입 물품 명세확인서”를 토대로 관세 면제업무를 처리한 것으로 분석됐다고 덧붙였다.