Ⅰ. 감사개요
감사원에서는 1999. 10월 중부지방국세청 외 12개 기관을 대상으로 공익법인 과세실태에 대한 실지감사를 실시하고 감사위원회의 의결을 거쳐 그 결과를 재정경제부 및 국세청 등 관계기관에 통보하였다. 이번 감사는 공익법인 출연재산 및 그 운용소득의 사후관리와 이에 대한 과세실태를 점검하여 문제점을 도출하고 이를 개선하기 위하여 실시하였다.
감사결과 총 21건의 위법·부당 사항을 지적하여 73억 1,200만여 원의 상속세 및 증여세 등을 추가 징수하도록 시정요구하고 공익법인 출연재산 및 운용소득 사후관리와 관련한 문제점에 대한 개선방안을 강구하도록 통보하였다.
<감사결과 총괄> (금액단위 : 백만 원) 합 계 | 처 분 요 구 종 류 | 건수 | 금 액 | 시 정
(금액) | 주의 | 통보 | 현지조치
(금액) | 21 | 7,312 | 16
(7,267) | 1 | 3 | 1
(45) |
Ⅱ. 감사결과 주요내용
1. 이사 선임요건 등을 위배한 공익법인에 대한 증여세 또는 상속세 미징수 결정
o 중부지방국세청은 1996. 12월 경기도 광주군에 있는 ○○재단법인의 법인세 과세표준 및 세액을 서면심리하면서
- 공익사업과 특별한 관계에 있는 자가 이사(理事)현원의 5분의 1을 초과하는 경우에는 공익사업을 운영하는 법인으로 보지 않도록 되어 있고
- 위 재단법인이 1995. 3월 서울특별시 영등포구에 있는 영리법인으로부터 현금 10억 원을 출연받을 때 이사 현원 10명 중 3명이 당해 재단법인과 특별한 관계에 있었으므로 출연받은 재산에 대하여 증여세를 부과하였어야 하는데도
- 위 법인의 이사구성에 대한 검토를 제대로 하지 않았기 때문에 증여세 6억여 원이 미징수 결정되었다.
⇒ 미징수된 증여세는 징수결정하도록 시정 요구하고 관련자는 주의하도록 요구
o 서대문세무서는 1997. 3월 서울특별시 서대문구에 있는 ○○의료법인의 세적을 관리하면서
- 당해 공익법인과 특별한 관계가 있는 자가 이사 현원의 5분의 1을 초과하는 경우에는 공익사업을 운영하는 법인으로 보지 않도록 되어 있고
- 위 의료법인이 1996. 10월 다른 의료법인으로부터 주식 및 토지(가액 31억여 원)를 출연받을 때 이사 현원 8명 중 3명이 당해 의료법인과 특별한 관계에 있었으므로 출연받은 재산에 대하여 증여세를 부과하였어야 하는데도
- 위 법인의 공익사업 해당여부를 제대로 검토하지 않고 그대로 내버려 둔 결과 증여세 12억여 원이 미징수 결정되었다.
⇒ 미징수된 증여세는 징수결정하도록 시정 요구
o 대전세무서(구 동대전세무서)는 1998. 2월 대전광역시 대덕구에 있는 ○○의료법인의 공익법인 관련 보고서의 내용을 서면심리하면서
- 위 의료법인과 특별한 관계에 있는 출연자의 처(간호조무사)가 이사장으로 취임하여 "6월 이상 이사의 선임 기타 사업운영에 관한 중요사항을 결정할 수 있는 권한을 보유"하고 있었으므로 위 의료법인이 출연받은 재산(가액 17억여 원)을 증여받은 것으로 보아 증여세를 부과하였어야 하는데도
- 위 의료법인이 보건복지부로부터 간호조무사도 의료인에 해당한다는 의료법에 반하는 회신문을 받아 이를 제출하자 의료법상 의료인이 아닌 간호조무사를 의료인으로 인정, 증여세를 부과하지 않아 증여세 6억여 원이 미징수 결정되었다.
⇒ 미징수된 증여세는 징수결정하도록 시정 요구하고, 질의회신업무를 잘못 처리한 보건복지부 관련자에게는 주의하도록 요구
o 대전지방국세청은 1997. 9월 충청남도 당진군에 사는 상속인 5명이 신고한 상속세를 조사하면서
- 위 상속인들이 1997. 7월 상속재산 중 토지와 건물(가액 32억여 원)을 출연하여 장학법인을 설립하고 상속인들 중 1명이 위 장학법인의 이사장으로 취임하였으므로 위 장학법인에 출연된 재산을 상속세 과세가액에 산입하여 상속세를 결정하였어야 하는데도
- 상속인들이 위 상속재산가액을 상속세 과세가액에 산입하지 않고 신고한 것을 그대로 인정하였기 때문에 상속세 19억여 원이 부족 징수결정되었다
⇒ 부족 징수결정된 상속세는 추가 징수결정하도록 시정 요구하고 관련자에게는 주의하도록 요구
2. 취득가액 잘못 산정에 따른 특별부가세 부족 징수결정
o 중부세무서는 1998. 3월 서울특별시 중구에 있는 ○○사회복지법인의 세적을 관리하면서
- 공익법인이 출연받은 재산을 1년이상 공익법인의 고유목적 사업에 사용 하지 않고 3년이내에 양도하는 경우에는 그 재산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 공익법인의 취득가액으로 하여 양도차익에 대한 특별부가세를 부과하도록 되어 있고
- 위 법인은 1995. 9월 경기도 고양시에 있는 토지를 출연받아 그 고유목적사업에 사용하지 않고 2년 2월만에 양도하였으므로 위 출연재산의 취득가액은 출연자의 당초 취득가액(22억여 원)을 적용하였어야 하는데도
- 출연당시의 감정가격(43억여 원)을 적용하였기 때문에 특별부가세 5억여 원이 부족 징수결정되었다.
⇒ 부족 징수결정된 특별부가세를 추가 징수결정하도록 시정 요구
o 종로세무서는 1995. 3월 서울특별시 종로구에 있는 ○○재단법인이 토지와 건물을 공공사업용으로 양도한데 대한 특별부가세 과세표준을 신고받아 이를 처리하면서
- 특별부가세를 산출할 경우 취득시기는 실제 취득일을 적용하고, 또한 감면받을 특별부가세의 합계액이 산출세액의 100분의 50을 초과하는 금액은 감면을 배제하도록 되어 있고
- 위 법인은 위 부동산을 1987. 4. 25. 취득하였으므로 동 취득일자를 기준으로 특별부가세를 산정하고 산출세액의 100분의 50을 감면신청하였어야 하는데도
- 위 법인이 취득시기를 1989. 1. 1.로 잘못 의제하고 전액 감면신청한 것을 그대로 내버려둔 결과 특별부가세 2억여 원이 부족 징수결정되었다.
⇒ 부족 징수결정된 특별부가세를 추가 징수결정하도록 시정 요구
3. 신주인수권 무상양도에 따른 증여세 미징수 결정
o 성동세무서는 1996. 5월 서울특별시 중구에 있는 ○○학교법인의 세적을 관리하면서
- 위 학교법인은 1994. 12월 배정받은 신주인수권 308,081주를 이사장과 이사에게 각각 대가없이 양도하였으나, 신주인수권의 가액을 평가하면 그 가액이 유상 신주발행가액보다 높으므로 그 차액에 대하여 증여세 3억여 원을 징수결정하도록 위 양수자의 관할 세무서장에게 통보하였어야 하는데도
- 위 학교법인이 제출한 신고서 등을 제대로 검토하지 않고 내버려 둔 사실이 있다.
⇒ 관할 세무서장에게 증여세 3억여 원을 징수결정하도록 과세자료를 통보토록 요구
4. 부담부증여 부동산에 대한 양도소득세 등 미징수 결정
o 서초세무서는 1996. 3월 서울특별시 서초구에 있는 ○○문화재단의 세적을 관리 하면서
- 위 법인은 1995. 3월 서초구 반포동에 사는 ○○○로부터 토지 및 건물(가액 51억여 원)을 출연받으면서 위 출연자의 채무 13억여 원도 함께 인수하였으므로
- 출연받은 재산 중 인수 채무액에 상당하는 부분은 출연자가 이를 유상양도한 것으로 보아 양도소득세 3억여 원을 징수하도록 위 출연자의 관할세무서장에게 통보하였어야 하는데도
- 위 법인이 제출한 신고서 등을 제대로 검토하지 않고 내버려 둔 사실이 있다.
⇒ 관할 세무서장에게 양도소득세 3억여 원을 징수결정하도록 과세자료를 통보토록 요구
o 서대구세무서는 1998. 3월 대구광역시 달서구에 있는 ○○의료법인의 세적을 관리하면서
- 위 재단법인은 1997. 11월 같은 시 같은 구에 사는 ○○○로부터 재산 47억여 원을 증여받으면서 채무 50억여 원도 함께 인수받았으므로
- 순채무액 3억여 원을 ○○○가 위 의료법인으로부터 증여받은 것으로 보아 증여세를 부과하였어야 하는데도
- 채무변제이익 등에 대한 검토를 제대로 하지 않았기 때문에 증여세 등 78백만여 원이 미징수 결정되었다.
⇒ 미징수된 증여세를 추가 징수결정하도록 시정 요구
5. 고유목적사업준비금 손금 산입 과다인정에 따른 법인세 부족징수 결정
o 마포세무서는 1998. 3월 서울특별시 마포구에 있는 ○○재단법인의 세적을 관리하면서
- 공익법인은 유가증권의 처분에서 발생한 소득에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액을 한도로 고유목적사업준비금을 설정하고 이를 손금에 산입할 수 있도록 되어 있고
- 위 법인은 1997. 3월 주식을 매각하고 유가증권처분이익 11억여 원 전액을 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금에 산입하였으므로 동 처분이익의 100분의 50에 해당하는 금액만을 준비금으로 인정하고 이를 초과하는 금액은 손금부인하였어야 하는데도
- 위 법인이 유가증권처분이익 전액을 손금 산입한 것을 그대로 내버려 둔 결과 법인세 2억여 원이 부족 징수결정되었다.
⇒ 부족 징수결정된 법인세를 추가 징수결정토록 시정 요구
6. 공익법인의 출연받은 재산에 대한 세제상 사후관리에 관한 사항
o 재정경제부는 공익법인이 상속세 또는 증여세 과세가액 불산입 혜택을 받고 출연받은 재산의 사후관리에 관하여 세제운용 등의 업무를 총괄 하면서
가. 공익법인이 출연받은 재산을 직접공익목적사업 등 외에 사용하는 경우 증여세를 부과하여 사후관리하도록 함에 있어
- 직접공익사업에 사용하는 것은 "해당 공익법인의 정관상 고유목적사업에 사용"하는 것으로 한정하면서 동일한 목적의 공익사업을 영위하는 공익법인이나 직접공익목적사업에 사용하여야 하는 출연받은 재산의 범위에 관하여 그 구체적인 기준을 두고 있지 않아
- 의료법인 등이 사후에 취득한 재산 등을 의과대학을 운영하는 학교법인에게 출연하여 부속병원 등 학교시설로 사용하게 하는 경우 당해 의료법인 등의 설립·운영목적이나 공익목적에 반하지 않은 것으로 볼 수 있고 사후에 취득한 재산을 효율적으로 활용하기 위한 것으로 인정되는데도
- 이를 직접공익목적사업 등 외에 사용한 것으로 보아 위 공익법인들이 면제받은 증여세 혜택을 배제하는 경우 혜택받은 세액보다 더 많은 세액을 추징하게 되어 출연받을 당시 과세하는 경우와 비교할 때 과세 형평에 어긋나 조세정의에 반할 소지가 있을 뿐 아니라 공익사업에의 적극적인 민간참여 유도라는 과세가액 불산입제도의 본래 목적을 저해할 우려가 있고
나. 공익법인이 출연받은 재산을 내국법인의 주식 등을 100분의 5를 초과하여 취득하는 데 사용하는 경우 이를 증여받은 것으로 보아 증여세를 부과하여 사후관리하도록 함에 있어
- 유상증자에 의하여 공익법인 등에게 배정된 신주를 공익법인 등이 취득하여 100분의 5를 초과하는 경우 주주명부 폐쇄일까지 처분하지 않으면 예외없이 증여세를 부과하도록 하고 있어
- 학교법인 등이 유상증자에 따라 불가피하게 주식을 추가 취득하여 지주회사화 하려는 목적이 없이 보유하는 경우에도 증여세를 부과하게 됨으로써 당초 혜택을 받은 세액보다 더 많은 세금을 추징하게 되어 과세형평에 어긋나게 될 뿐 아니라 학교재정을 악화시켜 공익법인의 교육사업 참여 활성화라는 과세가액 불산입제도의 본래 목적을 저해하는 등 위 사후관리제도가 불합리하게 운용될 우려가 있다.
⇒공익법인이 수익사업 등에 의한 사후 취득재산 등을 공익사업을 위하여 타공익법인에게 출연하거나, 유상증자 등에 의하여 주식 등을 불가피하게 100분의 5를 초과 취득하여 보유하는 경우 과세의 형평성, 합목적성 및 조세정의 측면 등을 종합적으로 검토하여 합리적인 사후관리가 되도록 적정한 방안을 강구토록 재정경제부장관에게 통보.
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