| 일시 | 주요내용 |
| 1월1일 | 세무공무원·관세공무원교육원 통합 국세공무원교육원 출범 |
| 1~14일 | 국세청 국장·서장급 인사단행 |
| 22일 | '99귀속 부가세면세사업자 사업장현황신고 관리방향 발표 |
| 23일 | 원천징수세액 반기별납부방침 발표 무자료거래 등 불성실신고자 부가세조사 |
| 25일 | 제2기 부가세확정신고 |
| 26일 | '99법인세 신고관리방향 발표 |
| 2월13일 | 기장신고자 확대사업추진, 간편장부첨부 |
| 3월2일 | 국세청 인터넷 홈페이지 개통 |
| 3일 | 제33회 조세의 날 및 세금을 아는 주간 행사 |
| 9일 | 국세행정개혁에 관한 정책토론회 개최 |
| 17일 | 자라나는 세대에 대한 올바른 세금교육실시 |
| 20일 | 국장급 전보인사 |
| 4월1일 | '99년 국세행정운용방향 발표 |
| 15일 | 재산은닉 체납자 고발방침 발표 |
| 25일 | '99.1기 부가세 예정신고 |
| 27일 | '99년 종소세 확정신고 관리방향 발표 |
| 28일 | 납세자 만족도를 높이기 위한 창구직원 행동지침 제정, 시행 |
| 5월6일 | 국민적 탈세감시를 위한 고발전화 개설 |
| 13일 | 국세행정개혁 중간평가 |
| 20일 | 간편장부 전산기장 프로그램 개발방침 발표 |
| 26일 | 안정남 국세청장 취임 |
| 6월17일 | 성실신고 소규모 개인사업자의 납부세액경감조치 발표 |
| 11~21일 | 국세청 개혁인사 단행(황수웅 차장,김성호 서울지방국세청장 취임) |
| 24일 | 과세특례배제기준 확대시행 |
| 24일 | 국세청 간부들에 대한 개혁인사 단행 |
| 7월14일 | 음성·탈루소득자 세무조사결과 발표 |
| 15일 | 안정남 청장 취임후 첫 전국세무관서장회의 개최, 정도세정 천명, 회의참석자 청와대 초청오찬 |
| 25일 | '99.1기 부가세확정신고 |
| 8월20일 | 신용카드영수증 복권제 시행방침 발표 |
| 9월1일 | 국세청 개혁인사 단행, 국세청 제2의 개청선언 |
| 16일 | 제2차 신용카드가맹점 가입확대추진 |
| 18일 | 보광그룹 세무조사 발표 |
| 27일 | 입장·승차·승선권 등 비정규영수증의 전산발매 계획 발표 |
| 10월4일 | 한진그룹 일성건설 등 세무조사결과 발표 |
| 11월8일 | 대형·호화유흥업소에 대한 특별세무조사 |
| 26일 | 음성·탈루소득자 조사결과 발표 |
| 12월10일 | 국세청 제2개청 100일 세정개혁추진성과 발표 |
