서울지방국세청 산하 28개 세무서 중 24곳이 법인의 주택 양도소득에 대한 추가 납부 법인세 등 44억4천600여만원을 징수하지 않은 것으로 드러났다.

감사원은 지난해 6월부터 1달여간 서울지방국세청을 대상으로 정기감사를 실시한 결과를 지난달 31일 공개했다.

감사원은 2016~2018년 주택을 양도하고 법인세 신고를 한 법인 중 양도소득에 대한 추가 납부 법인세, 부가가치세 등을 내지 않은 혐의가 있는 229개 법인을 대상으로 세금 신고·납부 여부를 점검했다.

그 결과 총 62개 법인(103채 양도)이 추가납부 법인세를 미신고(54곳)하거나 국민주택 규모(1세대당 85㎡)를 초과한 주택을 양도했으면서도 부가가치세를 미납(15곳)했다.

그런데도 강남세무서 등 서울청 산하 세무서 24곳은 빠트린 추가 납부 법인세와 부가가치세를 부과하지 않고 있었다.

미부과된 세액은 가산세를 포함해 추가 납부 법인세 37억7천여만원, 부가가치세 6억7천여만원 등 총 44억4천600여만원이다. 

이 중 세금을 가장 많이 빠트린 곳은 강남세무서(8억6천만원)였다. 강남세무서 관할 주식회사 A가 지난 2017년 부산 연제구에 있는 주택 5채와 토지를 일괄 양도하면서 발생한 추가 납부 법인세 및 부가가치세 8억여원을 일실한 영향이 컸다.

이어 성동(6억원), 서초(3억7천만원), 영등포(3억2천만원), 잠실(3억원) 등도 법인의 주택 양도소득에 대한 법인세 등을 제대로 부과·징수하지 않았다.

같은 감사에서 서울청 산하 세무서 28곳 중 미부과 사실이 확인되지 않은 곳은 노원·도봉·성북·송파 등 4곳 뿐이다.

감사원은 “서울청과 세무서는 주택 소유권 변동 등기자료 등을 활용해 법인세 및 부가가치세 신고내용에 대한 오류, 누락 여부 등을 확인하고 수정신고를 안내하는 등 신고내용 확인업무를 수행했어야 한다”며 미부과된 세액을 징수하라고 서울국세청에 통보했다.

이밖에 감사원은 상장주식 장내거래 증여세 과세 규정 보완, 명의신탁 주식 증여세 미부과 등 위법·부당사항 17건(200억2천만원)을 확인해 서울국세청에 징계·주의·통보 등 조치했다.