보조사업자에 대한 물품대금 및 공사대금 청구 시 전자세금계산서 발행이 전면 의무화된다.

기재부 30일 서울 서초동 서울지방조달청에서 송언석 제2차관 주재로 제6차 보조금 관리위원회를 개최, 보조사업자 전자세금계산서 활용 의무화 방안을 확정했다.

정부는 보조금 부정수급을 근절하기 위해 보조금 부정수급 종합대책을 추진하고 있으며 보조금법 등 관련 법제를 개혁하고 국고보조금 통합관리 시스템을 구축 중이다.

금년 4월부터 시행되는 개정 보조금법에 따라 보조사업이 관행적으로 지속되는 것을 차단하기 위해 보조사업 연장여부를 평가하게 되고 보조사업 신설 시에도 사전에 엄격한 심사를 거치게 된다.

특히, 부정한 방법으로 보조금을 교부받거나 교부받은 보조금을 다른 용도로 사용한 경우에는 보조사업 수행 대상에서 배제하는 One-Strike Out 제도를 도입했다.

이날 회의에서는 이 같은 개혁의 연장선상에서 보조사업자 전자세금계산서 활용 의무화 방안을 확정했다.

이에 보조사업자의 세금계산서 위조·중복사용을 방지하기 위해 보조사업 거래에서는 매출액 규모에 관계없이 전자세금계산서 사용이 전면 의무화 된다.

현행 부가세법령에서는 법인사업자 및 매출액 3억원 이상 개인사업자에 대해 전자세금계산서 발행을 의무화하고 있지만 보조금 지출거래의 경우 의무대상으로 규정한 것이다.

이와함께 민간 보조사업자의 시설공사는 국가계약법령, 조달사업법령 등이 직접 적용되지 않았으나 국민세금으로 지원되는 만큼 보조금이 투명하게 사용될 수 있도록 설계, 계약, 시공, 정산 등 전 과정에 걸쳐 정부조달 전문기관인 조달청이 적정성 여부를 엄밀하게 검증할 수 있도록 관련 제도의 전면개편이 추진된다.

대상사업은 국고보조금 규모 100억원 이상 사업 중 추정가격 30억원 이상인 토목·건축공사 관련사업이 해당된다.

기재부는 보조금 교부시 교부조건에 관련내용을 반영해 정부조달 전문기관인 조달청이 설계, 계약, 시공 등 각 단계마다 면밀한 검토를 하도록 할 계획이며 보조사업자의 과다설계 여부 등의 검증을 위해 의무적으로 조달청에 설계심사를 의뢰하게 된다.

송언석 기재부 2차관은 “그간 세금계산서 위·변조 등으로 보조금이 누수되는 사례가 지속적으로 있어왔다. 보조금 지출거래 시에 전자세금계산서를 의무화하는 것은 이를 방지하기 위해서 반드시 필요한 조치”라며 “국민의 세금이 한푼도 허투루 쓰여지는 일이 없도록 모든 부처는 제도의 취지를 보조사업자 등 관련자에게 제대로 알리고 이행할 것“을 당부했다.