용도가 한정된 아파트형 공장을 분양받은 사업자가 분양면적 중 일부를 입주부적격 업종으로 사용할 경우 취·등록세를 과세할 때 면적안분이 용이하지 않을 경우 매출액 등을 안분해서 과세해야한다는 판결이 서울시 공개시민법정에서 나왔다.
처분청은 민원인이 서울시 구로구 소재 아파트형공장을 2004년 4월 16일 최초분양으로 취득해 구서울특별시세감면조례 제 19조 2항의 규정에 따라 취득세 등을 감면받았으나, 민원인이 해당 부동산을 분양받은 후 입주부적격 업종인 특허사무실을 운영하는 것을 확인했다.
따라서 처분청은 같은 조례 제 19조 2항 단서규정에 의해 취득가액 2억4천5백만원을 과세표준으로 하여 지방세법 소정의 규정을 적용한 가산세 2천2백만원을 2008년 9월 10일에 부과고지했다.
하지만 민원인은 변리사업, 온라인정보 제공업, 기계관련 엔지니어링 및 공업디자인업을 주업으로 하는 H국제특허법률사무소를 운영하고 있는 변리사이고 변리사업과 기술개발사업을 같은 장소에서 겸업하고 있는 것은 변리사가 기술개발을 진두지위하고 있는 소규모 사업체이기 때문이며 직원들 역시 변리사업과 기술개발 보조자의 역할을 동시에 수행하고 있다고 사정을 설명했다.
따라서 현재까지는 기술개발에 대한 수익성을 창출하지 못하고 있으나, 아파트형 공장에 입주한 이래 현재까지 기술개발에 필수적인 선행시술조사와 기술개발사업을 계속해 왔으며, 특히 온라인정보제공업 및 기술개발업을 계속하고 있는 이상 처분청이 구서울특별시세감면조례 제 19조 2항의 단서에 따라 다른 용도로 사용한다고 판단하고 과세처분을 한 것은 부당하다고 주장했다.
이에 처분청은 해당조례의 규정을 살펴보면 아파트형공장을 취득하는 경우 그 취득한 날부터 1년 이내에 정당한 사유없이 해당 사업 또는 벤처기업용에 직접사용하지 않는 경우와 5년 이내 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대해서는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있다고 반박했다.
또한 처분청은 감면업종과 비감면업종을 겸업하는 경우 사용하는 면적을 안분해 추징하는 것이 타당하다고 할 것이나 면적안분을 할 수 없는 경우, 매출액 등 합리적인 기준에 따라 안분해 과세해야 한다는 행정자치부 지방세정팀의 질의답변 사례(2662.2005.9.12)를 인용해 과세의 타당성을 주장했다.
처분청은 이에 따라 민원인의 사안을 정리하면 민원인 측은 아파트형 공장을 'G기술정보'라는 이름으로 취초분양 취득해 입주하고 기타 엔지니어링서비스사업을 영위할 목적으로 서울특별시세 감면조례를 적용, 취득세 등을 감면받고 기술개벌업 등과 변리사업을 같이 영위했다고 하나 아파트형 공장에 입주 이후 변리사업 외의 매출실적이 전무해 주사업인 변리사업 이외의 다른 감면사업을 영위했다고 볼 수 없으므로 취득세 등의 부과처분은 적법하다고 덧붙였다.
이와 관련해 지난해 12월 30일 개최된 서울시 공개세무법정에서는 이 사건의 쟁점사항을 아파트형 공장을 최초분양 취득해 감면받고 5년내에 다른 용도로 사용하는 경우 감면한 취득세등을 추징하는 것의 적법여부라고 판단했다.
공개세무법정에서는 이와 관련해 해당 부동산에 대한 출장조사결과 외형상 특허법률사무소 외 기계엔지니어링 기술개발업무공간이 별도로 없음을 확인했고, 이와 관련해 기술개발에 대한 실적은 창업 이후 전혀 발생하지 않았다는 점 또한 알 수 있었다.
따라서 공개세무법정의 심의위원들은 처분청이 언급한 행정자치부 지방세정팀의 질의답변 사례(2662.2005.9.12)를 인용, 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제 28조의5 제1항 1호 및 동법시행령 제36조의4 제1항에서 아파트형 공장에 입주할 수 있는 시설은 '제조업'과 동법 시행령 제 6조 2항 및 3항의 규정에 의한 '지식산업', '정보통신산업' 및 시장, 군수, 구청장이나 관리기관이 인정하는 사업으로 규정하고 있고, 아파트형 공장을 취득한 후 이에 해당하지 않는 사업을 겸업하고 있는 경우, 그 해당 부분에 대해서는 기 면제한 취득세와 등록세의 추징대상이 되기 때문에, 이때 감면업종과 비감면업종으로 사용하는 면적을 안분하여 추징하는 것이 타당하지만 면적안분을 할 수 없는 경우 매출액 등 합리적인 기준에 따라 안분해 과세해야 된다고 판결했다.
