처분청은 A교회재단인 민원인 측이 2008년도 재산세 과세기준일인 작년 6월 1일 당시에 소유하고 있던 서울시 강북구 소재 부동산에 대해 같은해 8월 1일 지방세법 제 132조 제5항 8호의 분리과세 세율을 적용한 재산세 등 1천만원을 토지분 재산세로 부과고지했다.

하지만 민원인은 이에 대해 해당 토지는 교회와 그 사택으로 사용하던 토지이므로 종교시설에 대한 비과세를 해야한다고 주장했다.

민원인은 그 근거로 해당 부동산의 지상 건축물을 교회와 그 사택 등으로 사용하던 중 해당 부동산에 주택재개발사업인 미아뉴타운 제 12구역에 편입되어 교회건물 등에 대한 조합과의 보상합의가 법원의 조정에 의해서 이뤄지는 등 보상합의에 장시간이 소요됐다는 사정을 설명했다.

민원인 측은 때문에 재산세 과세기준일인 2008년 6월 1일에 해당 부동산과 대토된 종교시설부지에 교회신축을 위한 공사착공을 못한 점은 인정하지만, 교회건물 등에 대한 보상합의가 이뤄진 2007년 11월 28일부터 2008년 6월 1일까지 공사착공을 하는 것은 사실상 불가능했고, 종전 토지에 대한 대토부지가 종교용지로 인가돼 청구인의 본래목적에 상실되지 않았으며, 민원인의 의사와 관계없이 교회건물 등이 철거되었다는 점을 감안할 때 처분청의 과세처분은 부당하다고 강조했다.

이에 대해 처분청은 민원인 측의 해당 부동산이 도시및주거환경정비법에 의한 주택재개발사업인 미아뉴타운 제12구역에 포함되어 교회건물 및 주택 등이 멸실된 후, 2008년 재산세 과세기준일 현재 신축공사를 착수하지 못한 것은 보상합의의 지연에 따른 불가항력적 사항이라고 주장하지만, 보상합의에 의한 착공지연은 지방세법 소정의 재산비과세 요건에 해당하지 않는다고 주장했다.

또한 처분청은 해당 부동산이 종교용지라 할지라도 지상건축물의 목적에 따라 그 용도가 구체화되기 때문에 그 종교목적으로 사용할 건축물에 대한 건축허가를 받고 착공신고서를 제출한 후 실제로 건축공사를 진행해야 재산세 비과세 대상에 해당하는 것인데, 2008년 재산세과세기준일에 민원인 측이 건축허가나 착공신고서를 제출해 공사를 착공했다는 사실 등이 확인되지 않으므로 종교목적에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 것으로 볼 수 없다고 덧붙였다.

이와 관련해 지난해 11월 28일 개최된 서울시 공개세무법정에서는 이 사건의 쟁점사항을 재개발지역내의 토지를 소유하고 있는 종교단체가 과세기준일 현재 건물신축을 위한 공사착공을 하지 못한 경우 재산세 등을 부과고지한 처분이 적법한지의 여부에 관한 다툼이라고 보았다.

공개세무법정에서는 지방세법 제 186조에서 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지에 대해 재산세를 비과세하되, 그 사업에 직접사용하는 토지와 건축 중인 경우라는 뜻은 목적사업에 직접사용하기 위해 준비하고 있는 경우까지 포함한다고 볼 수 없다는 대법원 판례(선고 92누14809 판결)와 과세기준일 현재 시행령이 규정한 요건에 해당하지 않는 이상 요건에 해당하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부는 분리과세대상토지 해당 여부를 좌우하는 사유가 되지 못한다는 조세심판원 심판결정(조심 2008지0340)을 참고해 처분청의 과세결정을 옳다고 판단했다.