현행 개인 소득세 과세체계는 '75년도에 세제개혁을 통하여 그 골격이 이루어졌는 바, 모든 소득을 종합하여 과세하는 것을 원칙으로 하되 퇴직소득,양도소득,산림소득을 각각 분류하여 과세하도록 하였다.

종합소득세는 이자, 배당, 근로, 사업, 부동산임대, 기타소득을 종합하여 하나의 과세단위로 세액을 산출하는 과세방식을 채택하였다.

이 경우의 소득이란 총수입금액에서 필요경비를 차감한 금액을 말하고 반대로 필요경비가 총 수입금액을 초과하는 금액은 결손금이라 하여 그 결손금이 발생한 과세기간으로부터 5년내에 소득이 발생하면 그 소득에서 전 연도의 결손금을 공제하여 과세표준을 계산하는 이른바 이월결손금공제 제도를 채택하고 있다.

이와 같은 소득금액 계산 원리가 적용되는 대표적인 소득은 사업소득과 부동산 임대소득으로서 마치 법인세법에서의 소득금액 계산 원리와 비슷하다. 이는 일반 사업이나 부동산 임대사업을 통하여 소득이 발생한다는 점에서는 차이가 없고 다만 그 소득의 주체가 개인이냐, 법인이냐 하는 차이에 불과하기 때문이다.

종합소득을 구성하는 사업소득 중에는 부동산매매사업소득이 있는 바， 이 부동산 매매사업 소득과 양도소득은 다같이 부동산의 소유권이 이전됨으로써 발생되는 소득이라는 점에서는 본질을 같이 하며 차이가 있는 것은 매매사업은 매매를 사업이라고 볼 수 있는 정도로 매매행위가 자주 일어난다는 점이고 양도는 매매의 빈도가 낮아서 가끔 일어난다는 점이다. 그러나 매매의 빈도를 측정하는 기준은 매우 애매하다.그리하여 소득세법 기본통칙에서는 1과세기간 즉 6월에 1회 이상 취득하고 2회 이상 판매하는 행위는 부동산 매매사업이라고 정의하였으나 매매물건의 수량 또는 매매금액의 과다에 따라서는 경제적 효과나 법률적 효력을 일의적으로 나타낼 수는 없는 것이므로 이 또한 구별의 애매성을 극복하기는 어려운 것이다.

민법에서는 양도를 권리의 포괄적 이전행위라는 개념으로 이해하고 그 가운데 유상양도를 매매라고 규정했는데 소득세법은 사업성이 있는 양도는 매매라고 이름 짓고 사업성이 없는 양도는 양도라고 이름지어 각 각 소득금액과 세액을 구분해 계산하도록 함으로써 납세자에게는 세금부담을 달리하게 되어 있다.

이와 같이 매매와 양도는 본질을 같이 함에도 불구하고 소득세법은 사업소득과 양도소득으로 구분하여 과세함에 따라 매매는 사업소득이므로 결손금의 이월공제가 허용되고 양도는 양도소득이므로 결손금의 이월공제가 허용되지 않기 때문에 세금 부담에 차이를 가져오는 모순을 낳고 있다.

또 하나의 모순은 두개의 양도 부동산 중 하나는 소득이 발생하고 하나는 손실이 생긴 경우에 이를 같은 과세기간에 모두 양도하면 소득과 손실을 상계하여 과세하고 과세기간을 달리하여 각 각 양도하면 손실분을 상계하지 않고 소득분은 전액 과세됨으로써 세금부담에 형평성을 잃게 된다.

양도소득은 2005년까지는 양도가액과 취득가액을 모두 기준시가에 의한 양도소득 계산을 원칙으로 삼았기 때문에 실제의 결손금이 계산될 수 없었으며 마치 사업소득 계산에 있어서 추계결정의 경우에는 결손금이 인정되지 않는 점과그 이론을 같이 한다고 볼 수 있다.그러나 2007년부터는 양도소득에 있어서도 실제 거래되는 양도가액과 취득가액에 의해 양도소득을 계산하도록 그 계산방법을 바꾸었기 때문에 실제 결손금이 생길 수 있으므로 이 결손금은 다음 연도에 이월하여 공제하여 주는 것이 실제 거래가액 과세제도에 부합될뿐만 아니라 매매사업과의 과세 형평성도 보장될 수 있는 것이다.

또 하나의 이유는 법인소득과세와의 형평성 유지다. 개인과 법인이 각 각 소유 부동산을 양도했을 경우에 양도의 대상이 부동산이고 양도소득금액도 실제거래가액으로 계산되는 점에서는 아무런 차이가 없고 그 소득이 귀속되는 인격체가 개인이냐 법인이냐 하는 차이뿐이라면 결손금을 이월하여 공제하는 것도 법인과 개인간에 달리 할 이유가 없는 것이다.

그렇다면 개인의 부동산 매매사업 소득과 법인의 부동산 매매사업 소득은 이월결손금을 공제해 주는 반면 개인의 양도소득은 이월결손금공제를 배제하고 있으나 개인의 매매소득과 양도소득간에 차이를 두어야 할 이유가 없으며 법인의 매매소득과도 본질을 같이하는 것이므로 실제 거래가액에 의하여 양도소득금액을 계산하는 과세체계아래에서는 양도소득에 대한 결손금도 이월공제함이 형평의 원리에 부합한다고 본다.

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